Kehidupan manusia tidak dapat lepas dari orang lain, membuat orang harus memiliki sistem nilai agar ada acuan dalam hubungan yang dibangun tak terkecuali dalam organisasi pendidikan. Sekolah sebagai organisasi pendidikan merupakan kumpulan orang yang memiliki latar belakang agama, budaya dan keyakinan yang berbeda. Sistem nilai yang dibangun diharapkan mampu memberikan rasa nyaman dalam hubungan manusia dalam organisasi pendidikan. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis sistem nilai yang harus dimiliki dalam hubungan manusia pada organisasi pendidikan. Penelitian ini menggunakan paradigma kualitatif dengan teknik deskriptif dan pengumpulkan data secara dokumentasi dan studi literatur. Ada beberapa tahapan yang dilakukan dalam analisis data, mulai dari reduksi data, data display, dan verifikasi data. Hasil penelitian ini menunjukan dalam mewujudkan hubungan dalam organisasi tak terkecuali dalam hubungan organisasi pendidikan ada 9 nilai yang dapat dijadikan pegangan agar tercipta hubungan baik dan nyaman dalam bekerja yaitu; kejujuran, penyelarasan, kebebasan, stimulus, dukungan, mengambil risiko, pemberdayaan, kerja tim, dan komunikasi.