Resumo: O objetivo deste estudo foi o de descrever, com base no relacionamento entre os sistemas de informação SINAN (Sistema de Informação de Agravos de Notificação) e SIM (Sistema de Informações sobre Mortalidade), o perfil epidemiológico dos casos notificados de influenza por novo subtipo viral que evoluíram para óbito, durante a pandemia da doença. Foram utilizados dados secundários de ambos os sistemas referentes aos anos de 2009 e 2010. O relacionamento identificou 5.973 óbitos de casos notificados como influenza pandêmica. Destes, 2.170 (36,33%) haviam sido classificados no SINAN como confirmados para a enfermidade; 215 (3,6%), como infecção por outro agente infeccioso; e 3.340 (55,92%), como descartados. Após o relacionamento, alguns casos, que, no SINAN, foram encerrados com evolução para óbito por influenza (n = 658) ou óbito por outras causas (n = 847), não foram encontrados no SIM. O relacionamento entre os bancos de dados pode aprimorar o sistema de vigilância e o dimensionamento da morbimortalidade. Recomendamos o fortalecimento da vigilância da influenza no país com o uso do relacionamento entre os sistemas de informação do Ministério da Saúde.