Los Sistemas de Agro Acuicultura Integrada (SAAI) han sido estudiados como opciónpara la producción de pescado en comunidades con recursos limitados. Así mismo, eluso de perifiton se ha convertido recientemente en una alternativa viable por el aportede alimento natural de bajo costo. El objetivo de este estudio fue evaluar el efecto delperifiton sobre el desempeño productivo del policultivo Piaractus sp. (cachama híbrida)y Prochilodus magdalenae (bocachico) en SAAI en la comunidad Indígena de Jimaín,Colombia. Se sembraron 1,5 alevinos de cachama híbrida y 1,5 bocachicos/m2, con pesopromedio de 0,49 ± 0,14 g y 1,83 ±1,61 g respectivamente, en seis estaques en tierra de90 m2, tres de los cuales contaron con varas de madera (3 varas/m2) para la fijación deperifiton. La duración del cultivo fue de 135 días. Los tratamientos (CS: con sustratoy SS: sin sustratos) recibieron una dieta suplementaria dos veces al día, calculada comoporcentaje de la biomasa con ajuste quincenal. Se realizaron biometrías quincenales. Losdatos productivos por especie y para el policultivo se evaluaron mediante ANOVA conun modelo lineal general (p < 0,05). Los datos de peso (g) y longitud estándar (cm) porespecie se evaluaron mediante un modelo mixto de medidas repetidas. No se encontraronefectos del sustrato sobre los parámetros productivos analizados tanto para cada especie,como para el policultivo. Se presentó interacción significativa para el peso del bocachicoel día 90 (CS: 74,7 y SS: 47,1). Según los resultados obtenidos, la utilización de perifitony el manejo en policultivo de especies nativas requiere más estudios.