Antecedentes y Objetivos: La variación genética de especies de árboles es escasamente conocida para los bosques tropicales de México. El objetivo fue analizar la diversidad genética de Brosimum alicastrum (Moraceae) y Sapium macrocarpum (Euphorbiaceae) (especies sucesionalmente intermedias y con dispersión zoocora) y de Cecropia peltata (Cecropiaceae) y Heliocarpus appendiculatus (Malvaceae) (sucesionalmente tempranas o pioneras, con síndrome de dispersión zoocora y anemócora, respectivamente), en la selva mediana subperennifolia de la Reserva de la Biosfera Selva El Ocote (REBISO), Chiapas, México. Métodos: Se amplificaron dos regiones de ADN del gen nuclear ribosomal, ITS 1-2 e ITS 3-4, como marcadores genéticos. El ADN se extrajo de hojas o cambium de árboles de las especies elegidas en tres localidades (subpoblaciones) de la REBISO. A partir de secuencias concatenadas (578 pb), se obtuvieron los estimadores de diversidad y diferenciación genética. Resultados clave: Se registraron ocho haplotipos en B. alicastrum, 12 en S. macrocarpum, cinco en H. appendiculatus y seis en C. peltata. Los valores más altos para la mayoría de los estimadores se presentaron en S. macrocarpum (π = 0.0047, Hd = 0.79, s = 10), y también registró la menor diferenciación entre localidades (Φst = 0.22). Heliocarpus appendiculatus y C. peltata presentaron, valores más bajos de diversidad, pero una mayor diferenciación entre las localidades (Φst ~ 0.80). Conclusiones: En general, el mayor nivel de diversidad genética se registró en S. macrocarpum, especie sucesionalmente intermedia y con síndrome de dispersión zoocora. Se observó una menor variación y mayor diferenciación en las especies pioneras, H. appendiculatus y C. peltata. La variación genética observada se ajusta a un modelo evolutivo neutral, por lo que probablemente el patrón de variación observado se debe a procesos evolutivos aleatorios. No obstante, el síndrome de dispersión y su afinidad sucesional influyen en la distribución espacial de la diversidad genética.