Phylodynamic of HCV Populations

Abstract

Hepatitis C virus is an actual public health problem worldwide since its discovering in 1989. It is explained not only by the wide spreading and frequent adverse outcomes of disease, the lack of effective preventive vaccine, but also by the high genetic variability of the virus. The current review summarizes the results of phylodynamic and phylogeographic studies of different HCV populations that allowed to characterize epidemic processes, to analyze the divergence of HCV into genotypes and subtypes, and to determine the geographic origin of the current HCV epidemic variants.Key words hepatitis C virus, phylodinamic, evolution, genotypes, recombinant forms. 574ВЕСТНИК РАМН /2015/ 70 (5) вых инструментариев и игл как в индустриально развитых странах, так и в развивающихся, а популяции субтипа 1а, продлившийся также до 80-х гг., -масштабным внутри-венным использованием психотропных средств в странах Северной Америки, Европы, в Англии и Австралии [4,6,7]. Последующее замедление темпов роста обеих по-пуляций еще до открытия в 1989 г. самого возбудителя ни-А-ни-B гепатита произошло в связи с внедрением технологий скрининга образцов донорской крови на на-личие австралийского антигена, вируса иммунодефици-та человека, инактивации факторов свертывания крови, а также в связи с более тщательным соблюдением мер профилактики при различных парентеральных меди-цинских вмешательствах, использованием одноразовых шприцев [5,6]. Схожая филодинамика популяций 1а и 1b просле-живается при моделировании развития локальных эпи-демий. По данным O.G. Pybus и соавт., в Англии неэк-споненциальный рост популяции субтипа 1а продлился до 40-х гг. Переход к экспоненциальному росту совпал с трехкратным внедрением вариантов ВГС субтипа 1а на территорию Англии в когорту людей, начавших упо-треблять опиаты внутривенно [8]. В странах Средизем-номорья (Греция, Турция, Кипр) развитие эпидемии субтипа 1b началось в первые десятилетия ХХ в. с Греции, в 1920-1930-е гг. она распространилась на соседние стра-ны -Турцию и Кипр [9]. В Турции экспоненциальный рост популяции субтипа 1b происходил в 1940-1999-х гг. за счет распространения изолятов, циркулировавших ис-ключительно внутри страны, в основном при проведении различных парентеральных медицинских манипуляций, в результате чего турецкие изоляты субтипа 1b сформи-ровали четкую монофилитическую группу, отличную от изолятов соседних стран Средиземноморья [9].Анализ полноразмерных геномов 7 субтипов ВГС ге-нотипа 1 (1a, 1b, 1c, 1e, 1g, 1h, 1l), идентифицированных на территории Камеруна, позволил предположить, что именно эта страна является регионом происхождения вариантов ВГС генотипа 1 [10].В отличие от субтипов 1а и 1b движущей силой гло-бальной дессиминации генотипа 2 стали трансатлантиче-ская работорговля, при которой было перемещено около 17 млн человек из стран Западной Африки в Северную и Южную Америку, и колониальная политика европейских стран, охватившая африканский континент и азиатские страны [11,12]. В период 1700-1850 гг. установлен мно-жественный вброс генотипа 2 с территории Ганы и Бе-н...