Phylogenetic relationships in Taxodiaceae and Cupressaceae sensu stricto based on matK gene, chlL gene, trnL‐trnF IGS region, and trnL intron sequences

Abstract

Nucleotide sequences from four chloroplast genes, the matK, chlL, intergenic spacer (IGS) region between trnL and trnF, and an intron of trnL, were determined from all species of Taxodiaceae and five species of Cupressaceae sensu stricto (s.s.). Phylogenetic trees were constructed using the maximum parsimony and the neighbor-joining methods with Cunninghamia as an outgroup. These analyses provided greater resolution of relationships among genera and higher bootstrap supports for clades compared to previous analyses. Results indicate that Taiwania diverged first, and then Athrotaxis diverged from the remaining genera. Metasequoia, Sequoia, and Sequoiadendron form a clade. Taxodium and Glyptostrobus form a clade, which is the sister to Cryptomeria. Cupressaceae s.s. are derived from within Taxodiaceae, being the most closely related to the Cryptomeria/Taxodium/Glyptostrobus clade. These relationships are consistent with previous morphological groupings and the analyses of molecular data. In addition, we found acceleration of evolutionary rates in Cupressaceae s.s. Possible causes for the acceleration are discussed.

Extended Linkage Disequilibrium in Noncoding Regions in a Conifer, Cryptomeria japonica

“…We recently constructed a bacterial artificial chromosome (BAC) library for Cryptomeria japonica, a conifer belonging to Cupressaceae sensu lato (Gadek et al 2000;Kusumi et al 2000) and determined the sequences of eight random clones from the library. We used these sequences to design primers and resequenced fragments in those regions using the same tree samples used by Fujimoto et al (2008) for the study of the coding regions.…”

Anatomía comparada de la madera de Cupressaceae y su correspondencia con los estudios de filogenia

“…Antiguamente las familias Taxodiaceae y Cupressaceae sensu stricto se encontraban separadas, pero estudios moleculares (Brunsfeld et al 1994;Tsumura et al 1995;Stefanović et al 1998;Kusumi et al 2000;Quinn et al 2002;Yang et al 2012) y morfológicos (Young y Watson 1969;Eckenwalder 1976;Hart 1987) han puesto de manifiesto una gran afinidad entre ellas, englobándolas en una sola familia: Cupressaceae sensu lato. Del mismo modo, análisis moleculares, anatómicos y filogenéticos, han aportado suficientes datos para excluir el género Sciadopitys de Taxodiaceae (Phillips 1941;Eckenwalder 1976;Hart 1987;Chase et al 1993;Tsumura et al 1995;Chaw et al 1997;Stefanović et al 1998;Quinn et al 2002;Schulz y Stützel 2007), considerándosele perteneciente a una familia distinta, Sciadopityaceae.…”

“…se observan dos grupos claramente definidos (Figuras 3 y 4), el primer grupo es parafilético y consta de los géneros de la antigua familia Taxodiaceae menos Sciadopitys (Athrotaxis, Cunninghamia, Cryptomeria, Glyptostrobus, Metasequoia, Sequoia, Sequoiadendron, Taiwania, Taxodium), y el segundo grupo es monofilético y está formado por los géneros de Cupressaceae s.s. (Hart 1987;Brunsfeld et al 1994;Tsumura et al 1995;, Kusumi et al 2000Yang et al 2012). …”

“…Filogenéticamente se observa en el grupo de Taxodiaeae dos clades bien resueltos (Figuras 3 y 4), tanto por caracteres morfológicos (Young & Watson, 1969;Eckenwalder, 1976) como moleculares (Brunsfeld et al, 1994;Tsumura et al, 1995;, Kusumi et al, 2000Yang et al, 2012). Los clades en los que se dividen son sequoioid , formado por los géneros Sequoia, Sequoiadendron y Metasequoia, y taxodioid compuesto por Cryptomeria, Glyptostrobus y Taxodium (Tsumura et al, 1995;Kusumi et al, 2000;Yang et al, 2012).…”

“…Los clades en los que se dividen son sequoioid , formado por los géneros Sequoia, Sequoiadendron y Metasequoia, y taxodioid compuesto por Cryptomeria, Glyptostrobus y Taxodium (Tsumura et al, 1995;Kusumi et al, 2000;Yang et al, 2012). La gran afinidad filogenética observada entre Taxodium y Glyptostrobus, puede responder a un claro ejemplo de vicarianza, ya que geográficamente se encuentran muy distantes pero existen registros fósiles de Glyptostrobus en Norteamérica, Europa y Asia (Henry y McIntyre 1926).…”