Phylogeny of the Eisenia nordenskioldi complex based on mitochondrial genomes

Shekhovtsov, Sergei V.; Голованова, Е. В.; Ershov, Nikita I.; Poluboyarova, Tatiana V.; Берман, Д. И.; Булахова, Н. А.; Szederjesi, Tímea; Peltek, S. E.

doi:10.1016/j.ejsobi.2019.103137

Cited by 20 publications

(25 citation statements)

References 32 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…We assembled a dataset containing 927 COI barcode sequences of E. nordenskioldi specimens. Of those, 252 were newly sequenced, and the rest was taken from previous studies (Shekhovtsov et al, 2013 , 2015 , 2016a , b , 2018a , 2020 ). Haplotypes of E. n. pallida lineage 5 were excluded from the analysis because it was demonstrated that this is probably a species of the Aporrectodea genus similar in morphology to E. n. pallida (Shekhovtsov et al, 2016a ) and it did not group together with the rest of E. nordenskioldi on phylogenetic trees (not shown).…”

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

“…However, this evidence could not be considered decisive due to the few DNA loci involved in the analysis. An attempt to resolve the phylogeny of the complex using mitochondrial genomes (Shekhovtsov et al, 2020 ) proved to be insufficient to clarify some questions. When using different datasets (i.e., protein sequences, protein-coding genes, rRNAs, total genomes, etc.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

See 1 more Smart Citation

Species Delimitation of the Eisenia nordenskioldi Complex (Oligochaeta, Lumbricidae) Using Transcriptomic Data

et al. 2020

View full text Add to dashboard Cite

Eisenia nordenskioldi (Eisen, 1879) is the only autochthonous Siberian earthworm with a large distribution that ranges from tundra to steppe and broadleaved forests. This species has a very high morphological, ecological, karyological, and genetic diversity, so it was proposed that E. nordenskioldi should be split into several species. However, the phylogeny of the complex was unclear due to the low resolution of the methods used and the high diversity that should have been taken into account. We investigated this question by (1) studying the diversity of the COI gene of E. nordenskioldi throughout its range and (2) sequencing transcriptomes of different genetic lineages to infer its phylogeny. We found that E. nordenskioldi is monophyletic and is split into two clades. The first one includes the pigmented genetic lineages widespread in the northern and western parts of the distribution, and the second one originating from the southern and southeastern part of the species' range and representing both pigmented and non-pigmented forms. We propose to split the E. nordenskioldi complex into two species, E. nordenskioldi and Eisenia sp. 1 (aff. E. nordenskioldi), corresponding to these two clades. The currently recognized non-pigmented subspecies E. n. pallida will be abolished as a polyphyletic and thus a non-natural taxon, while Eisenia sp. 1 will be expanded to include several lineages earlier recognized as E. n. nordenskioldi and E. n. pallida.

show abstract

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Species Delimitation of the Eisenia nordenskioldi Complex (Oligochaeta, Lumbricidae) Using Transcriptomic Data

et al. 2020

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Большинство изученных видов этой группы состоит из нескольких (от двух до десяти) филогенетических линий, различающихся 5-20 % нуклеотидных замен в митохондриальной ДНК (King et al, 2008;Porco et al, 2013;Shekhovtsov et al, 2016). При этом степень различий между ядерными геномами этих линий, как правило, неизвестна, хотя имеющиеся данные свидетельствуют в пользу того, что их можно считать отдельными видами (Shekhovtsov et al, 2019(Shekhovtsov et al, , 2020. Морфологические различия между филогенетическими линиями в некоторых случаях также наблюдаются (Dupont et al, 2011).…”

Section: Introductionunclassified

Генетическое разнообразие и антиоксидантный потенциал сортов перца сладкого (Capsicum annuum L.) сибирской селекции

2020

Письма в ВЖГиС

View full text Add to dashboard Cite

Аннотация: Octolasion tyrtaeum (Savigny, 1826)-космополитный вид дождевых червей, широко распространенный в Палеарктике. В пределах вида наблюдается значительная морфологическая изменчивость: длина тела взрослых особей может варьировать от 4 до более чем 15 см. Кроме того, существует несколько генетически различающихся групп (филогенетических линий, или гаплогрупп). Ранее было высказано предположение, что размерная изменчивость обусловлена генетически: особи, относящиеся к «большой» (L) и «малой» (S) филогенетическим линиям, имели значительные отличия по размеру тела. В настоящей работе мы исследовали морфологическую (на основании промеров тела) и молекулярно-генетическую (при помощи митохондриального гена cox1) изменчивость у нескольких популяций O. tyrtaeum из Республики Беларусь и Новосибирской области. В Новосибирской области были обнаружены популяции с крупными (10.5-15.5 см) и средними (7-9 см) особями, относящимися к гаплогруппе L, а также мелкие особи (4-6 см) с гаплогруппой S. O. tyrtaeum из Беларуси были представлены особями малого размера с пятью различными гаплотипами гаплогруппы N. Все исследованные особи имели типичный для O. tyrtaeum набор диагностических признаков. Можно сказать, что размеры тела коррелируют с гаплотипом неабсолютно: хотя гаплотипы особей из популяций 1 и 2 были идентичны, они значительно различались размерами тела. Кроме того, отмечены определенные различия между особями, относящимися к гаплогруппам N и S: при сходной длине тела особи гаплогруппы N имели почти вдвое больший диаметр. Таким образом, соответствие морфологической и генетической изменчивости у O. tyrtaeum не так однозначно, как считалось ранее, и обусловлено и генетическими, и экологическими различиями.

show abstract

“…We assembled a dataset containing 927 COI barcode sequences of E. nordenskioldi specimens. Of those, 252 were newly sequenced, and the rest was taken from previous studies (Shekhovtsov et al, 2013(Shekhovtsov et al, , 2015(Shekhovtsov et al, , 2016a(Shekhovtsov et al, ,b, 2018a(Shekhovtsov et al, , 2020. Haplotypes of E. n. pallida lineage 5 were excluded from the analysis because it was demonstrated that this is probably a species of the Aporrectodea genus similar in morphology to E. n. pallida (Shekhovtsov et al, 2016a) and it did not group together with the rest of E. nordenskioldi on phylogenetic trees (not shown).…”

Section: E Nordenskioldi Haplotype Distribution and Automated Speciementioning

confidence: 99%

“…However, this evidence could not be considered decisive due to the few DNA loci involved in the analysis. An attempt to resolve the phylogeny of the complex using mitochondrial genomes (Shekhovtsov et al, 2020) proved to be insufficient to clarify some questions. When using different datasets (i.e., protein sequences, protein-coding genes, rRNAs, total genomes, etc.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Image_1.tif

View full text Add to dashboard Cite

Phylogeny of the Eisenia nordenskioldi complex based on mitochondrial genomes

Cited by 20 publications

References 32 publications

Species Delimitation of the Eisenia nordenskioldi Complex (Oligochaeta, Lumbricidae) Using Transcriptomic Data

Species Delimitation of the Eisenia nordenskioldi Complex (Oligochaeta, Lumbricidae) Using Transcriptomic Data

Генетическое разнообразие и антиоксидантный потенциал сортов перца сладкого (Capsicum annuum L.) сибирской селекции

Image_1.tif

Contact Info

Product

Resources

About