RESUMO A área plantada com pupunheira (Bactris gasipaes) para a produção de palmito tem aumentado nos estados da Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro, Tocantins, São Paulo, Paraná e Santa Catarina. Nestas regiões os plantios são atacados pela podridão da base do estipe (PBE), associada ao oomiceto Phytophthora palmivora. Há poucos trabalhos sobre a etiologia desta doença, pairando e, as vezes, ficam dúvidas sobre a espécie de Phytophthora envolvida. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar morfológica, fisiológica e molecularmente, os isolados de Phytophthora sp. oriundos de três polos de plantios de pupunheira, visando elucidar a sua etiologia. Os 31 isolados de Phytophthora utilizados vieram de plantios de pupunheira dos estados de São Paulo (Eldorado, Cajati e Registro), Paraná (Paranaguá e Morretes) e Santa Catarina (Massaranduba, Garuva e Joinville). Avaliou-se o crescimento micelial dos isolados de Phytophthora sp. em oito temperaturas (8, 12, 16, 20, 24, 28, 32 e 36 °C), o aspecto das colônias, a produção de esporângios, clamidósporos e oósporos. Foram medidas 50 estruturas de cada isolado e a análise molecular com base nas regiões ITS1 e ITS2 e Cox1 e Cox2. Os três padrões de colônia encontrados foram: ligeiramente estrelado, estrelado e cotonoso, sendo o primeiro o mais frequente. Os isolados não cresceram às temperaturas de 8 °C e 36 °C, e a temperatura ótima foi 23,7 °C. Os esporângios formados em ontogenia simpodial apresentaram-se papilados, elipsoides em sua maioria, com 21,1 - 84,8 µm de comprimento e 17,4 – 41,7 µm de largura, caducos, com pedicelos curtos 0,4 - 6,6 µm, e relação comprimento/largura (C/L) variando de 1,3 - 1,9. As papilas mediram entre 0,9 - 11,2 µm de profundidade e 0,5 - 11,4 µm de largura. Clamidósporos globosos, terminais e intercalares, com 20,0 - 53,6 µm de diâmetro e 0,3 - 4,4 µm de espessura de parede. Todos os isolados foram heterotálicos e do tipo compatível A1. Oósporos globosos, apleróticos e sem ornamentações nas paredes medindo 26,0 - 63,6 µm, com anterídios anfígenos. Com base nas características morfofisiológicas e moleculares, os isolados de pupunheira foram enquadrados na espécie Phytophthora palmivora (Butler) Butler.