White-nose syndrome is rapidly spreading in eastern North America, causing mass mortality of hibernating bats. We characterized levels of genetic diversity and population structure of the little brown bat (Myotis lucifugus (Le Conte, 1831)) in eastern Canada to infer the extent to which oceanic straits may be barriers to movement. To quantify metrics of gene flow and infer movement dynamics, we genotyped 679 M. lucifugus at nine nuclear microsatellites (nDNA) and sequenced a portion of the mitochondrial DNA (mtDNA). We found high levels of genetic diversity and little population structure, with ≈13-fold higher differentiation of mtDNA than nDNA markers, suggesting that structuring patterns largely result from female philopatry. Discriminant analysis of principle components suggested that the subtle underlying structure was not concordant with sampling site. Regional differentiation (F ST , D est , Mantel test residuals) is mostly consistent with genetic isolation by distance. However, samples from Newfoundland showed genetic differentiation over and above the effects of distance, lower levels of genetic diversity, and less genetic connectivity with other sampled regions. Despite this, oceanic straits in the Gulf of Saint Lawrence do not appear to create an impenetrable barrier to movement, therefore it may be possible for white-nose syndrome to spread to Newfoundland.Résumé : Le syndrome du museau blanc se propage rapidement dans l'est de l'Amérique du Nord, entraînant une mortalité massive des chauves-souris hibernantes. Nous avons caractérisé les degrés de diversité génétique et la structure de la population du vespertilion brun (Myotis lucifugus (Le Conte, 1831)) dans l'est du Canada afin d'inférer la mesure dans laquelle les détroits océaniques pourraient constituer des barrières aux déplacements. Pour quantifier le flux génétique et inférer la dynamique des déplacements, nous avons effectué le génotypage de 679 M. lucifugus en neuf microsatellites nucléaires (ADNn) et le séquençage d'une portion d'ADN mitochondrial (ADNmt). Nous avons observé des degrés élevés de diversité génétique et peu de structure de la population, les marqueurs d'ADNmt présentant une différentiation ≈13 fois supérieure à celle des marqueurs d'ADNn, ce qui donne à penser que les motifs de structuration découlent en bonne partie de la philopatrie des femelles. L'analyse discriminante des composantes principales suggère que la subtile structure sous-jacente n'est pas reliée au lieu d'échantillonnage. La différentiation régionale (F ST , D est , résidus du test de Mantel) refléterait principalement un isolement génétique par la distance. Toutefois, des échantillons provenant de Terre-Neuve présentaient une différentiation génétique allant au-delà des seuls effets de la distance, des degrés de diversité génétique plus faibles et moins de connectivité génétique avec les autres régions échantillonnées. Les détroits océaniques dans le golfe du Saint-Laurent ne semblent néanmoins pas constituer une barrière impénétrable aux déplacements, de sor...