Introducción. Streptococcus pneumoniae es una las principales causas de morbilidad y mortalidad en niños y adultos en el mundo. Objetivo. Realizar un análisis de los datos de la vigilancia por el laboratorio de los aislamientos invasores de S. pneumoniae recuperados entre 1994 y 2004. Materiales y métodos. Se empleó la información de los aislamientos invasores de S. pneumoniae recibidos en el Grupo de Microbiología del Instituto Nacional de Salud durante la vigilancia de meningitis bacteriana aguda e infección respiratoria aguda entre 1994 y 2004. Los aislamientos contaban con datos epidemiológicos, serotipo, patrones de susceptibilidad antimicrobiana y algunos con tipificación molecular. Resultados. Se analizaron los datos de 2.022 aislamientos procedentes de 120 hospitales de diferentes regiones del país, recuperados principalmente de hemocultivos (50,7%) y líquido cefalorraquídeo (42%). Los serotipos más importantes fueron el 14, 6B, 23F, 1, 5, 6A, 19F, 18C y 9V, los cuales corresponden al 83,6% en niños menores de 6 años, al 74,0% en el grupo de 6 a 14 años y al 61,4% en mayores de 14 años. El 29,8% de los aislamientos presentó susceptibilidad disminuida a la penicilina (SDP), 44,3% a trimetoprim-sulfametoxazol, 32,4% a tetraciclina, 8,2% a cloranfenicol, 3,8% a eritromicina; todos fueron sensibles a vancomicina y el 13% fue multirresistente. Se tipificaron 602 aislamientos con SDP, de los cuales 27 (4,5%) se relacionaron con el clon 1-España 23F , 38 (6,3%) con el clon 2-España 6B , 301 (50%) con el 3-España 9V y 75 (12,5%) con el clon 26-Colombia 23F , además, los 138 aislamientos con tipo capsular 5 se relacionaron con el clon 19-Colombia 5 . Conclusiones. Los resultados proporcionan información básica necesaria para el diseño e implementación de estrategias para la prevención de la enfermedad neumocócica en nuestro país.Palabras clave: Streptococcus pneumoniae, infecciones neumocócicas, meningitis, neumonía, resistencia a las drogas.