Understanding spatiotemporal population genetic patterns is important for conservation management of ecologically and socioeconomically important species. This is particularly so in species-poor environments such as the brackish Baltic Sea. We examined over 600 northern pike (Esox lucius), a coastal predator and treasured sport fish, collected over major parts of the Baltic Sea coastline. We found low genetic divergence among populations, indicating a contrasting genetic structure of brackish water coastal spawners compared with previous reports on anadromous Baltic pike migrating up freshwater streams for spawning. A pattern of genetic isolation by distance either over shortest waterway or primarily along the mainland coast with islands as stepping stones suggested that gene flow is primarily taking place among neighboring populations, possibly with some migration over open water. Temporal data showed a stable genetic structure over a decade. Within a single sampling year, however, spatial divergence was larger during spawning than feeding season, indicating increased mixing of populations during the feeding season. Management should assure connectivity among brackish spawning grounds and large population sizes at identified core areas.Résumé : La compréhension des motifs spatiotemporels de la génétique des populations est importante pour la gestion de la conservation d'espèces d'importance écologique et socioéconomique, en particulier dans les milieux pauvres en espèces comme les eaux saumâtres de la mer Baltique. Nous avons examiné plus de 600 grands brochets (Esox lucius), un prédateur côtier prisé des pêcheurs sportifs, prélevés sur de grandes portions des côtes de la mer Baltique. Nous avons relevé une faible divergence génétique parmi les populations qui indique que la structure génétique des individus frayant en eaux côtières saumâtres diffère de ce qui avait déjà été signalé pour des brochets anadromes de la mer Baltique remontant les cours d'eau douce pour frayer. Un motif d'isolement génétique par la distance soit sur la voie d'eau la plus courte ou principalement le long des côtes continentales en utilisant des îles comme étapes donne à penser que le flux génétique s'exerce principalement entre populations voisines, possiblement avec migration en mer libre. Des données temporelles montrent une structure génétique stable à l'échelle d'une décennie. Sur une année d'échantillonnage, cependant, la divergence spatiale était plus grande durant la période du frai que durant la période d'alimentation, ce qui indique un plus grand mélange de populations durant la période d'alimentation. Les efforts de gestion devraient viser à assurer la connectivité des lieux de frai saumâtres et des populations de grandes tailles dans les zones centrales connues. [Traduit par la Rédaction]