La educación rural en Colombia es un escenario de constantes cambios sociales, económicos, políticos y culturales. Este estudio aporta elementos teórico-prácticos para la formación de maestros en el programa de Educación Básica con énfasis en Ciencias Naturales y Educación Ambiental de la Universidad de Antioquia, a partir de las singularidades de la enseñanza de las ciencias en contextos rurales. El marco metodológico se sitúa en un paradigma cualitativo-interpretativo con enfoque de estudio de caso instrumental, que busca identificar, a través de escritos narrativos y entrevistas semiestructuradas, las vivencias de tres maestras noveles de escuelas rurales en torno a los conocimientos que han apropiado de su formación profesional. Se analizaron el papel de la formación inicial respecto a su ejercicio docente en escuelas multigrado, la enseñanza basada en proyectos y la problematización de la educación científica en la ruralidad. Se concluye que los programas de formación de maestros deben brindar espacios de reconocimiento de los contextos rurales y aulas multigrado y fortalecer el contacto permanente con los egresados para contrarrestar las condiciones de aislamiento y soledad experimentadas por los docentes noveles a medida que dinamizan sus saberes profesionales en respuesta a las necesidades propias de la ruralidad.