RESUMO: Introdução: As prevalências de depressão em presídios são altas, porém não há clareza sobre os fatores de risco entre os sexos. Analisamos os fatores associados à depressão entre homens e mulheres presos no estado de São Paulo. Metodologia: Estudo transversal, de 2006 a 2007, com amostra probabilística estratificada e em múltiplos estágios. Aplicaram-se o Composite International Diagnostic Interview (CIDI) para diagnóstico psiquiátrico e questionário sobre histórico criminal em 1.192 homens e 617 mulheres. As prevalências foram calculadas para vida e fatores associados, para cada sexo, analisadas por meio da regressão logística multinomial. A variável dependente foi categorizada em: depressão, outro transtorno e sem transtorno mental. Resultados: A prevalência de depressão em mulheres foi de 33,3% (30,3 - 36,5) e em homens de 12,9% (11,1 - 15,0). Entre homens, foram associados à depressão falta disciplinar no presídio, histórico infracional na adolescência, ter companheira e problemas de saúde. Associados a outros transtornos: histórico infracional na adolescência e reincidência. Entre mulheres, as associações com depressão foram: problemas de saúde, crime de drogas e violência, estar presa em penitenciária e reincidência. Outros transtornos foram com problemas de saúde, reincidência, histórico infracional e crime violento. Discussão: Resultados confirmam estudos sobre diferenças entre os sexos para fatores associados à depressão. Conclusão: Há diferenças no perfil de homens e mulheres, que demandam distintas estratégias de enfrentamento, como coping e reabilitação em saúde para as mulheres com depressão.