Prevalence of RNA viruses in seeds, plantlets, and adult plants of cape gooseberry (Physalis peruviana) in Antioquia (Colombia)

Meta-Transcriptomic Analysis Uncovers the Presence of Four Novel Viruses and Multiple Known Virus Genera in a Single Hibiscus rosa-sinensis Plant in Colombia

“…The genomic organization and size of PhyVNV-Hib is similar to PhyVNV cape gooseberry isolates, BPP22 and BPP1, except that the RNA1 polyprotein is 5 or 39 aa shorter than for isolates BPP1 and BPP22, respectively. Previously, PhyVNV was identified in coinfection with a potexvirus (PhyVX) in the cape gooseberry [ 62 ] and our analysis confirmed that PhyVX is distinct from HiVX, though grouped in the same clade in the phylogenetic tree ( Supplementary Figure S2 ). HLRSV, the possible nepovirus reported from hibiscus in Nigeria, sometimes produced faint chlorotic spots or remained symptomless, but no serological relationship of HLRSV with the any members of the Nepovirus was confirmed [ 32 ].…”

Detección molecular de virus en cultivos de uchuva (Physalis peruviana) del suroeste de Antioquia (Colombia)

“…Así mismo, la detección del ilarvirus (Bromoviridae) CGIV-1 en solo una de las muestras foliares evaluadas y la ausencia de detección en campo del nepovirus (Secoviridae) PhyVNV plantean la necesidad de reforzar las medidas fitosanitarias que impidan la dispersión de estos virus en Colombia. Ambos virus fueron recientemente registrados por primera vez en el oriente de Antioquia, en 2018 en Marinilla (Gallo et al, 2018) y PhyVNV en 2021 en La Unión y Marinilla (Corrales-Cabra et al, 2021); en este último trabajo, los niveles de prevalencia ya alcanzaban el 46.6 % (CGIV-1) y 20 % (PhyVNV) en muestras asintomáticas de campo y valores alarmantes del 53.3 % (CGIV-1) y 86.7 % (PhyVNV) en plántulas de uchuva. Para el establecimiento de diferentes cultivos en el país, es cada vez más frecuente la utilización de plántulas producidas y distribuidas por viveros.…”

“…Sin embargo, en los últimos años se han registrado de manera creciente diferentes enfermedades de origen viral causadas por un complejo de virus que puede incluir al tobacco mosaic virus (TMV) (Gómez et al, 1997), potato virus X (PVX) (Zapata et al, 2005;Gutiérrez et al, 2015a), potato virus Y (PVY) (Aguirre et al, 2014;Álvarez et al, 2018;Cuttler et al, 2018), potato virus V (PVV) (Álvarez et al, 2018), cape gooseberry ilarvirus 1 (CGIV-1) (Gallo et al, 2018), potato mop-top virus (PMTV), potato yellow vein virus (PYVV), potato yellowing virus (PYV), southern tomato virus (STV) y potato virus S (PVS) (Gallo et al, 2020). Además, recientemente, Corrales-Cabra et al (2021) identificaron tres nuevas especies de virus en el oriente de Antioquia: el nepovirus Physalis vein necrosis virus (PhyVNV), el torradovirus Physalis torrado virus (PhyTV) y el potexvirus Physalis virus X (PhyVX). Estos nuevos hallazgos se suman a las cerca de 27 especies de virus reportados en uchuva en el mundo (Gallo et al, 2020;Kitajima, 2020;Savi et al, 2021).…”

“…La mayor parte de los registros de virus en Colombia se han realizado a partir de cultivos ubicados en el oriente de Antioquia (Gutiérrez et al, 2015a;Álvarez et al, 2018;Gallo et al, 2018;Corrales-Cabra et al, 2021), sin embargo, en este departamento hay otras zonas en el norte y suroeste donde se cultiva uchuva. Con el fin de generar una línea-base de riesgo fitosanitario viral para apoyar futuros planes de expansión de este cultivo en la subregión del suroeste Antioqueño, en esta investigación se evaluó, mediante RT-qPCR, la infección de ocho virus de RNA (CGIV-1, PhyVNV, PMTV, PVS, PVV, PVX, PVY y PYVV) en muestras foliares sintomáticas y asintomáticas de uchuva, y en semillas extraídas de frutos comercializados en la zona.…”

Monitoring the directed evolution to a tripartite genome from a bipartite torradovirus genome

“…The genus Torradovirus includes viruses of the species: Torradovirus lycopersici such as tomato torrado virus (ToTV) (Verbeek et al, 2007), Torradovirus marchitezum such as tomato marchitez virus (ToMarV) and tomato apex necrosis virus (ToANV) (Turina et al, 2007; Verbeek et al, 2008), Torradovirus lactucae including lettuce necrotic leaf curl virus (LNLCV) (Verbeek et al, 2014a), Torradovirus carotae including carrot torradovirus 1 (CaTV1) (Adams et al, 2014), Torradovirus manihotis including cassava torrado-like virus (CsTLV) (Carvajal-Yepes et al, 2014; Leiva et al, 2022), Torradovirus cardiacae motherwort yellow mottle virus (MYMoV) (Seo et al, 2015), Torradovirus codonopsis including codonopsis torradovirus A (Belete et al, 2021), and Torradovirus cucurbitae including squash chlorotic leaf spot virus (SCLSV) (Lecoq et al, 2016). Other tentative not yet assigned members are tomato chocolate virus (ToChV) (Verbeek et al, 2010), tomato chocolate spot virus (ToChSV) (Batuman et al, 2010), tomato necrotic dwarf virus (ToNDV) (Larsen et al, 1984; Wintermantel and Hladky, 2013), red clover torradovirus 1 (Koloniuk et al, 2018); physalis torrado virus (PhyTV) (Corrales-Cabra et al, 2021), fleabane yellow mosaic virus (FbYMV) (Alvarez-Quinto et al, 2022), burdock mosaic virus (BdMV) (Li et al, 2023), soybean torrado virus 1 (Rahman et al, 2023), potato rugose stunting virus (PotRSV) (Alvarez Quinto et al, 2023). Members of the genus Torradovirus are transmitted by whitefly (Verbeek et al, 2014b), aphid vectors (Rozado-Aguirre et al, 2016; Verbeek et al, 2017) and recent evidence indicates that psyllids can transmit PotRSV (Alvarez Quinto et al, 2023).…”