Introducción: un catéter venoso central está expuesto a adhesión bacteriana y colonización por parte de microorganismos de la piel en vecindad a su sitio de inserción. El hospital “Dr. Abel Gilbert Pontón” es el segundo hospital público más grande de la costa ecuatoriana. Aquí se dispone de gluconato de clorhexidina al 2% y Iodo–povidona al 10% para la asepsia y antisepsia del sitio de punción previa colocación de un catéter venoso central. Objetivo: determinar el efecto de la asepsia y antisepsia con Gluconato de clorhexidina al 2% versus Iodo–povidona al 10% en la prevención de colonización del catéter venoso central. Métodos: estudio observacional analítico, longitudinal, del tipo cohorte histórico, realizado en la unidad de cuidados intensivos del hospital “Dr. Abel Gilbert Pontón” de mayo-2013 a abril-2014. El efecto del agente antiséptico en la prevención de colonización del catéter venoso central se determinó mediante cálculo del riesgo relativo, reducción del riesgo relativo y número de pacientes que es necesario tratar. Resultados: se recuperó 786 pacientes, edad promedio 56,41 ± 16,3 años, 376 (47,8%) género femenino. En 357 (45,4%) pacientes se empleó gluconato de clorhexidina al 2%. El efecto de la antisepsia de dicho agente, en la prevención de colonización del catéter venoso central presentó un riesgo relativo de 1,012 (IC 95% 0,874 – 1,173; p=0,871), con una reducción del riesgo relativo del 1,2% y un número de pacientes que es necesario tratar de 173. Conclusión: en la práctica diaria en la unidad de cuidados intensivos del hospital “Dr. Abel Gilbert Pontón”, Gluconato del clorhexidina al 2%, en comparación con Iodo–povidona al 10%, presentó un efecto antiséptico superior en la prevención de colonización del catéter venoso central el cual no fue estadísticamente significativo. Se prefiere Gluconato de clorhexidina al 2% como agente antiséptico para tal fin, según lo recomienda la literatura actual.