Objetivo: Estimar a prevalência de incapacidades físicas e fatores associados, em pessoas que concluíram a poliquimioterapia (PQT) para hanseníase. Métodos: Realizou-se estudo transversal (n=222) no município de Vitória da Conquista-Bahia-Brasil, incluindo casos de hanseníase notificados de 2001-2014. As incapacidades físicas foram avaliadas por meio de aplicação de instrumento e avaliação do grau de incapacidade (GI) e do escore olho-mão-pé (OMP). Resultados: A prevalência de incapacidades físicas foi de 64,8% (n=144), e de GI 2 foi de 17,1% (n=38). As incapacidades físicas associaram-se de forma significante com analfabetismo (RP = 1,27; IC 95% = 1,05–1,54), classificação operacional multibacilar (RP = 1,26; IC 95% = 1,01–1,57), ocorrência de episódios reacionais (RP =1,41; IC 95% = 1,14–1,74) e dor/espessamento neural (RP = 1,3; IC 95% = 1,02–1,64). Houve piora do GI em 34 (32,1%) dos casos, considerando o momento do diagnóstico à alta. Conclusões: As incapacidades físicas, inclusive as com deformidades, constituem um importante problema no contexto individual e coletivo dos casos que seguem no pós-alta da PQT. Ressalta-se a necessitando de maior monitoramento e cuidado longitudinal, no sentido de prevenir sequelas específicas da doença.