Kabupaten Merauke terletak paling selatan dari Papua yang berbatasan langsung dengan Papua Nugini, serta memiliki ekosistem mangrove yang masih baik (murni), cukup luas dan kaya akan moluska dan krustasea, yang merupakan fauna kunci dalam ekosistem mangrove. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui struktur komunitas moluska dan krustasea pada ekosistem mangrove. Penelitian dilakukan pada bulan Oktober 2019, di 13 stasiun. Pengumpulan sampel makrobentos di tiap lokasi menggunakan plot berukuran 10 x 10 m. Sampel diambil selama 20 menit oleh 2 orang yang sama di setiap plot, saat air surut. Dari penelitian ini ditemukan 11 jenis krustasea dan 6 jenis moluska. Cerithidea obtusa, Littoraria scabra dan Cassidula angulifera dari kelompok moluska memiliki penyebaran relatif luas. Kepadatan tertinggi terdapat di stasiun MRKM22 (5,67 individu/m2) dan yang terendah di stasiun MRKM33 (0,25 individu/m2). Moluska dan krustasea yang ditemukan dalam penelitian ini merupakan jenis-jenis yang umum hidup pada ekosistem mangrove. Nilai indeks keanekaragaman jenis (H’) berkisar 0,63–1,56. Nilai ini menunjukkan keanekaragaman jenis baik moluska maupun krustasea dalam kondisi rendah–sedang. Indeks kemerataan jenis (J’) berkisar 0,56–0,99 dan nilai indeks dominasi jenis (C) berkisar 0,24–0,56. Secara umum, nilai-nilai ekologis ini menunjukkan komunitas moluska dan krustasea di setiap stasiun penelitian berada dalam kondisi yang relatif stabil.