Os dejetos animais podem ser utilizados em biodigestores anaeróbicos com intuito de produzir biogás e biofertilizante. Entretanto, a identificação e o conhecimento do perfil de resistência a antimicrobianos da microbiota presente no composto se faz necessário. Microrganismos presentes nas amostras foram identificados genotipicamente pelo sequenciamento do rRNA 16S. O perfil de susceptibilidade a antimicrobianos foi determinado pelo método de disco-difusão. Os grupos microbianos encontrados foram os Bacilos Gram Negativos da família Enterobacteriaceae e cocos Gram positivos. Quanto a susceptibilidade aos antimicrobianos, para os isolados do gênero Staphylococcus a penicilina foi a droga que apresentou o maior índice de resistência (78,9%), seguida da oxacilina (57,9%), sendo a maioria dos isolados (94,7%) sensíveis à combinação de ampicilina-sulbactam e ao levofloxacino (78,9%). Para os isolados do gênero Enterococcus os maiores índices de resistência foram detectados para a rifamicina (48%) e eritromicina (32%), com elevada sensibilidade ao levofloxacino (88%) e à vancomicina (80%). As linhagens de Escherichia coli avaliadas apresentaram uma alta sensibilidade à amicacina (85,7%) e a maior resistência se deu para o antimicrobiano ampicilina (42,8%). A utilização do biofertilizante gerado deve ser criteriosa devido à persistência de espécies potencialmente patogênicas no efluente final, onde algumas das quais apresentam relevante resistência a antimicrobianos.