Objetivo: validar um protocolo de fluxo para o cuidado e acompanhamento de Crianças com Necessidades Especiais de Saúde na Atenção Domiciliar. Método: pesquisa metodológica de validação. A coleta de dados foi online, em 2021, via Google Forms. Participaram sete profissionais que atuam nos Serviços de Atenção Domiciliar. Os dados foram analisados pela estatística descritiva com distribuição de frequência e percentual. Resultados: protocolo foi validado com Índice de Validade de Conteúdo de 0,87 (considerado adequado); Alfa de Cronbach 0,91 (concordância muito alta) e Kappa: 0.0281 (próximo de zero indica concordância ao acaso). As sugestões dos juízes foram em relação à estrutura gráfica. Assim, o protocolo foi reorganizado visando acatar as sugestões e facilitar a interpretação visual. Conclusão: o protocolo validado poderá ser utilizado para organizar o processo de trabalho e padronizar os cuidados às Crianças com Necessidades Especiais de Saúde na Atenção Domiciliar.