Miskonsepsi yang terjadi dalam pembelajaran biologi masih menjadi masalah utama. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif dengan tujuan untuk mengambarkan miskonsepsi peserta didik pada pembelajaran sistem reproduksi manusia secara online di MAN 1 Indramayu. Subjek penelitian ialah peserta didik kelas XII MIA-1 sebanyak 21 orang dengan teknik pengambilan sampel menggunakan sampling purposive. Instrumen yang digunakan ialah tes pilihan ganda yang dilengkapi indeks keyakinan peserta didik terhadap jawaban tes atau Certainty of Respon Index (CRI) dan wawancara untuk mengetahui penyebab terjadinya miskonsepsi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 17,78% peserta didik yang mengalami miskonsepsi berada pada kategori rendah. Persentase rata-rata miskonsepsi pada indikator struktur alat reproduksi 30,9%, spermatogenesis dan oogenesis 23,8%, hormon pria 23,8%, hormon wanita 0%, siklus menstruasi 20,6%, proses fertilisasi 28,5%, kehamilan 9,5%, persalinan 4,7%, ASI 28,5%, alat kontrasepsi 16,6%, dan kelainan pada sistem reproduksi sebesar 7,14%. Hasil wawancara menunjukkan penyebab terjadinya miskonsepsi diantaranya materi yang sulit dipahami, pemikiran asosiatif, reasoning yang tidak lengkap atau tidak tepat, menggunakan pengalaman peserta didik yang salah sebagai konsepsi, serta membuat kesimpulan berdasarkan apa yang tampak, dan jaringan smartphone yang buruk. Implikasi penelitian adalah dapat dijadikan masukan bagi guru untuk merancang pembelajaran dengan model dan pendekatan yang tepat sehingga dapat mengurangi atau menghilangkan miskonsepsi siswa.