En la región que comprende el acuífero Calera, Zacatecas, la producción intensiva del cultivo de chile (Capsicum ssp.) es de suma importancia económica, y depende totalmente del agua subterránea de un acuífero sobreexplotado en una zona cárstica y semiárida, la disponibilidad de agua se torna más limitada y la calidad del agua es de relevancia. El objetivo de la investigación fue evaluar el impacto a la calidad química del agua y determinar su aptitud para uso agrícola mediante los criterios de salinidad, sodicidad y toxicidad. Durante dos ciclos consecutivos se realizó un muestreo según la norma NOM-014-SSA1-1993 a los pozos que frecuentemente se usan para irrigación de chile. De acuerdo a la profundidad resultaron cinco estratos que van de 50 a 280 m sobre el nivel estático. Para los tres criterios se determinaron los parámetros de calidad de agua, su clasificación se mostró en un diagrama de Richards y su hidrogeoquímica mediante un diagrama de Piper. Se realizó un análisis de bloques completos al azar, un análisis de componentes principales y un clúster para identificar los parámetros que inciden considerablemente en la calidad del agua. Los resultados evidenciaron que el cultivo de chile no ha impactado la calidad del agua de acuífero y que la profundidad de los pozos no influye en ésta, más bien depende de la región en donde se ubica cada pozo, procesos de recarga, geología de la región, velocidad de las corrientes subterráneas y la infiltración por la acción de fallas y fracturas geológicas.