AgradecimentosA Deus por me dar paciência, dedicação, perseverança e determinação durante o período difícil de coletas, realização das análises e escrita da tese de doutorado; Aos meus pais Tadashi e Amélia, sempre preocupados com minha vida profissional, me apoiaram com mensagens de otimismo e esperança ao longo dos meus anos de estudo; À minha irmã Miriam que sempre esteve no meu lado, com paciência e me aconselhando nos momentos difíceis; Ao meu namorado Rodrigo, meu esposo, meu companheiro, amigo nos momentos alegres e difíceis, me ouvindo e ajudando com seus conselhos; À minha sogra Elisabeth, sempre paciente e companheira para todas as horas;Aos meus amigos que colaboraram para o meu crescimento pessoal e profissional: Taís (pela amizade, incentivo e pela ajuda na quantificação de ciliados); Isabel (pela orientação, incentivo, amizade, auxílio na identificação e montagem das pranchas dos protozoários de vida livre); Meylin (pelo exemplo de superação, pela amizade); Carolina (pela amizade, compreensão e paciência na análise estatística); Diego (pela amizade e por ter tornado possível a publicação do artigo do meu mestrado), Guilherme e Jaqueline (pela amizade, ajuda nas coletas e no processamento das amostras).À professora e orientadora Regina Maura Bueno Franco a quem eu respeito, pela enorme dedicação, paciência e por me ensinar a agir e me posicionar com dignidade, confiança e também não ter medo de encarar desafios.Ao Mário, pela paciência na operação do sistema, pela dedicação para manter o sistema em funcionamento para que se tornasse possível as coletas e também ao Guilherme, no auxílio das análises das amostras e nas coletas; ao Maurício Durigan, pela ajuda nas análises filogenéticas; aos amigos de Juiz de Fora: Prof. Roberto, Franciane, Marcus, que me receberam de braços abertos no laboratório ajudando com seus conhecimentos e experiência; ao Prof. Dr. Arício Xavier Linhares pelo auxílio na análise estatística. Aos professores membros da pré-banca Jaime Lopes da Mota Oliveira, Luciana Urbano dos Santos e Luiz Antônio Daniel pelas críticas e sugestões para o aperfeiçoamento e enriquecimento deste trabalho. À CAPES, pela concessão de bolsa de estudo; à FAPESP (Processo n° 2011/21878-9) e ao Fundo de Apoio ao Ensino, à Pesquisa e Extensão/UNICAMP (Edital de Extensão/2013) pelo auxílio financeiro para realização deste trabalho. Resumo Os protozoários patogênicos Giardia spp. e Cryptosporidium spp. têm causado inúmeros surtos epidêmicos devido ao consumo de água contaminada com esgoto contendo cistos e oocistos. A microfauna presente no líquido intersticial do reator aeróbio é capaz de fornecer informações sobre o desempenho do sistema de tratamento e da qualidade do efluente tratado. No Brasil, há poucos estudos que avaliam a remoção desses parasitos pelos sistemas combinados de tratamento e caracterizam a microfauna presente no Biofiltro Aerado Submerso. Tendo em vista essa situação, foram avaliadas amostras de esgoto, efluentes, biofilme e lodo provenientes de um sistema compreendendo Filtro Anaeróbio...