El objetivo de este trabajo es analizar la influencia del sexo, la edad y la deformación artificial en la morfogénesis del cráneo a través de rasgos métricos en la población prehispánica del Pucará de Tilcara (Quebrada de Humahuaca, Jujuy, Argentina). La muestra está compuesta por un total de 223 cráneos. La metodología empleada consistió en la determinación del sexo, estimación de la edad, determinación de la deformación artificial del cráneo y medición de 31 variables craneométricas. La influencia del sexo, la edad y la deformación artificial sobre la morfología del cráneo fue evaluada mediante la aplicación del análisis de la varianza univariado (ANOVA). Los resultados obtenidos indican que: el principal factor de variación intrapoblacional es el dimorfismo sexual, el efecto de la deformación artificial sobre el cráneo se observa en variables relacionadas con la base y principalmente con la bóveda, y la variación morfológica debido a la edad muestra que 22 caracteres cambian significativamente durante el crecimiento de los individuos, siendo la infantil-juvenil la clase que más contribuye a la diferenciación fenotípica.