Rapid Species Identification Within the Mycobacterium chelonae-abscessus Group by High-Resolution Melting Analysis of hsp65 PCR Products

Odell, Ian D.; Cloud, Joann L.; Seipp, Michael T.; Wittwer, Carl T.

doi:10.1309/wdr0-82x9-ffjb-qqgb

Cited by 26 publications

(37 citation statements)

References 0 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Also, high-resolution melting (HRM) curve analysis without using a fluorescence hybridization probe has been introduced recently as a rapid technique for genotyping and mutation scanning (Gundry et al, 2003). The introduction of new fluorescent dyes, such as LCGreen I and SYTO 9 green (Krypuy et al, 2006;Monis et al, 2005), has brought further improvement to HRM curve analysis for clinical (Reed & Wittwer, 2004;Wittwer et al, 2003;Zhou et al, 2005) and/or epidemiological (Cheng et al, 2006;Odell et al, 2005;Robinson et al, 2006) investigations.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Classification of Mycoplasma synoviae strains using single-strand conformation polymorphism and high-resolution melting-curve analysis of the vlhA gene single-copy region

et al. 2007

View full text Add to dashboard Cite

Mycoplasma synoviae is an economically important pathogen of poultry worldwide, causing respiratory infection and synovitis in chickens and turkeys. Identification of M. synoviae isolates is of critical importance, particularly in countries in which poultry flocks are vaccinated with the live attenuated M. synoviae strain MS-H. Using oligonucleotide primers complementary to the single-copy conserved 59 end of the variable lipoprotein and haemagglutinin gene (vlhA), amplicons of~400 bp were generated from 35 different M. synoviae strains/isolates from chickens and subjected to mutation scanning analysis. Analysis of the amplicons by single-strand conformation polymorphism (SSCP) revealed 10 distinct profiles (A-J). Sequencing of the amplicons representing these profiles revealed that each profile related to a unique sequence, some differing from each other by only one base-pair substitution. Comparative high-resolution melting (HRM) curve analysis of the amplicons using SYTO 9 green fluorescent dye also displayed profiles which were concordant with the same 10 SSCP profiles (A-J) and their sequences. For both mutation detection methods, the Australian M. synoviae strains represented one of the A, B, C or D profiles, while the USA strains represented one of the E, F, G, H, I or J profiles. The results presented in this study show that the PCR-based SSCP or HRM curve analyses of vlhA provide high-resolution mutation detection tools for the detection and identification of M. synoviae strains. In particular, the HRM curve analysis is a rapid and effective technique which can be performed in a single test tube in less than 2 h.

show abstract

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Classification of Mycoplasma synoviae strains using single-strand conformation polymorphism and high-resolution melting-curve analysis of the vlhA gene single-copy region

et al. 2007

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…HRM ile yapılmış mikrobiyal uygulamalarin sayısının 2006 yılından 2012 yılına kadar 59'dan 125'e çıktığı rapor edilmiştir ve bu çalışmaların sayısının giderekte artması beklenmektedir. Yapılmış ilk çalışmalara baktığımız-da Mycobacterium chelonae-M. abscessus türleri HRM yöntemiyle tanımlanmaya çalışılmıştır (37). Başka bir çalışmada ise ribozomal DNA'dan 100 bç'lik fragmentten Cryptococcus neoformans ve Cryptococcus gattii türlerinin ayrımının yapıldığı gösterilmiştir (38).…”

Section: Introductionunclassified

High Resolution Melting Method in Molecular Diagnostics and Their Clinical Importance

Dirican¹,

Akkiprik²

2017

Clin Exp Health Sci

View full text Add to dashboard Cite

GİRİŞPek çok genetik hastalığın moleküler gelişim sürecinde, genetik ve epigenetik mekanizmaların önemli olduğu kabul edilen bir gerçektir. Bu olaylarda birçok gendeki kusur veya anomalilerin bu hastalıkların tetiklenmesinde rol aldıklarını bilmekteyiz. Bu anomalilerin başında ise mutasyonlar, tek nükleotit değişimleri (SNPs) ve metilasyon durumu önemli genetik değişikler arasında yer almaktadır. Bu genetik değişiklikler her zaman için anomali oluşturacağına dair kesin bir bilgi olmamakla birlikte, klinikte tanımlanmış bazı genetik değişimlerin rutinde hastalıkların tanısında kullanılmakta olduğunu bilmekteyiz. Bu yöntemle daha önce bazı tanımlanmış genler olmakla beraber (TP53, PIK3CA, CDH1 ve PTEN gibi) yeni tanımlanacak genlerdeki anormalliklerin hem tanıda hem de tedavide yönlendirici olabileceği düşünülmektedir. Bu tanı ve tedavideki doğru yaklaşımın hastalığın seyrini nasıl etkileyeceğini de düşündüğümüzde bu araştırmaların önemi ortaya çıkmaktadır. Bu yüzden bu derlemede, HRM analiziyle özellikle kanser ve birçok genetik hastalığın moleküler tanısında kullanılmış olan çalışmalar ile tedavide yol gösterici olduğunu gösteren uygulamalar derlenmiştir.İnsan genomunun moleküler analizi için birçok pahalı teknolojik yönteme gereksinim duyulmaktadır. Bu yöntemlerin bütçesi yüksek olan araştırmaların dışında kullanımı, yani rutinde ve klinikte hastaların tanısında kullanımının zor olması hastaların tedavisine yardımcı olabilmemizi kısıtlamaktadır. Bu yüzden her geçen gün maliyeti düşürmek için tanı ve tedaviye yönelik yeni analiz yöntemleri geliştirilmektedir. Fakat doğru ve güvenilir yöntemlerin tanımlanması ve kullanılması bu hastalar için oldukça önemlidir. Biz de bu derlemede, moleküler tanıda rutin kullanımının artacağını beklediğimiz güvenilir ve hızlı analiz yapabilen HRM yöntemiyle önemli ÖzHer geçen gün moleküler biyoloji alanında teknolojinin gelişmesiyle paralel, birçok yeni moleküler analiz yöntemleri ortaya çıkmaktadır. Biz de bu derlemede, moleküler tanıda önemli olduğu gösterilmiş olan Yüksek Çözü-nürlüklü Erime (High Resolution Melting) (HRM) analizini, uygulama alanlarını ve klinikte yapılmış çalışmalarla önemini anlatmayı amaçladık. HRM kapalı tüp sisteminde, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR: PCR) sonrasına dayalı genetik varyasyonları belirlemek için kullanılan yeni bir yöntemdir. HRM'nin çalışma prensibi nükleik asit örneklerinin erime davranışına dayanmaktadır. Çift zincirli DNA'nın denatürasyonu erime sıcaklığının artmasıyla oluşan floresan değişikliklerinin saptanmasıyla belirlenir. Wild type (yaban tip) ve heterozigot örneklerinin farklılıkları erime grafiklerinde kolaylıkla saptanabilmektedir. Bu yöntemde erime eğrisi analiziyle daha fazla bilgi ve detay elde edilebilmektedir. HRM analizi, örneklerin sekans, uzunluk, guanin sitozin (GC) içeriğine göre ayrımını yapabilmektedir. Popülasyonda yaygın görülen tek nükleotit değişikliklerinin (SNP) tespiti, hastalıklarla ilişkili gen mutasyon taramaları ve DNA metilasyon analizleri HRM yöntemi ile hızlı ve güvenilir bir şekilde tanımlanabilmekte...

show abstract

“…The MCC comprised of a subset of mycobacteria that share 100% sequence similarity in the 16S rRNA gene (Figure 1.7). However, they showed differences in phenotypic and genetic characteristics (Odell et al, 2005). Recent advances in molecular techniques have now led to the further identification of a mycobacteria that was highly similar to the MCC but without speciation (Wilson et al, 2001).…”

Section: Mycobacterial Contaminationmentioning

confidence: 99%

“…However, mycobacteria have two copies of the 16S rRNA gene, with some distinct species sharing almost identical 16S rRNA sequences (Odell et al, 2005). M.abscessus was detected within 9% (10/106) of the samples that yielded an identifiable DNA sequence.…”

Section: Detection Of Mycobacteria With 16s Rrna Gene Specific Pcrmentioning

confidence: 99%

See 1 more Smart Citation

Biological and chemical hazards in water-mix metalworking fluids and mists

Brookes¹

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

Rapid Species Identification Within the Mycobacterium chelonae-abscessus Group by High-Resolution Melting Analysis of hsp65 PCR Products

Cited by 26 publications

References 0 publications

Classification of Mycoplasma synoviae strains using single-strand conformation polymorphism and high-resolution melting-curve analysis of the vlhA gene single-copy region

Classification of Mycoplasma synoviae strains using single-strand conformation polymorphism and high-resolution melting-curve analysis of the vlhA gene single-copy region

High Resolution Melting Method in Molecular Diagnostics and Their Clinical Importance

Biological and chemical hazards in water-mix metalworking fluids and mists

Contact Info

Product

Resources

About