La segregación residencial socioeconómica se ha convertido en un elemento característico de las ciudades de América Latina, independientemente de su tamaño y configuración. Pese a ello, la mayor parte de los estudios han priorizado su observación en grandes zonas metropolitanas, sin atención a las particularidades de los procesos segregativos de otros modelos menores de ciudad. Este estudio presenta un análisis comparado, con foco en la década del 2000, de los niveles y patrones de segregación en tres ciudades intermedias conurbadas del Estado de Colima, México. Estas comparten un marco institucional y sociocultural, pero exhiben características morfológicas y económicas distintas, que podrían estar condicionando la forma en que los grupos de élite ocupan el espacio urbano. A través de la aplicación e interpretación de los índices de Disimilitud y Delta con una escala de desagregación del territorio a nivel de colonias urbanas, se discute en torno a las particularidades segregativas de las ciudades intermedias- conurbadas, y la influencia que la morfología urbana y la vocación productiva tienen sobre los procesos de segregación de estas tres ciudades.