A pesquisa é sobre a capacitação de estudantes do curso de graduação em Farmácia voltada para o acompanhamento farmacoterapêutico de pacientes. O ambiente foi uma disciplina ofertada no modo de ensino remoto emergencial, com foco na aplicação de metodologias ativas de ensino para o desenvolvimento de competências clínicas relacionadas ao serviço de gerenciamento da terapia medicamentosa. A disciplina foi desenvolvida com base na aprendizagem baseada em problemas e incluiu leitura prévia de referências, aplicação de questionários, grupos de discussão, busca de evidências e protocolos clínicos em bases de dados, três consultas remotas com pacientes simulados, elaboração e apresentação do plano terapêutico e autoavaliação do estudante. A mensuração de resultados empregou um delineamento misto, cuja primeira parte constituiu um estudo quase-experimental longitudinal para avaliar os conhecimentos e desempenho dos alunos antes e depois do curso. Na segunda parte do estudo, realizou-se um grupo focal com os estudantes a respeito do processo de aprendizagem no curso. Dezenove alunos do curso de graduação em Farmácia participaram da disciplina, ao longo de dois semestres. Houve um aumento em média de 17% na taxa de acertos, com destaque para o tema busca de evidências (21%). Na opinião dos estudantes, houve progresso em relação à capacitação individual, mesmo diante dos desafios do ensino remoto. Os resultados sugerem que o emprego de metodologias ativas em ambiente virtual foi eficiente ao estimular o desenvolvimento teórico, prático e comportamental dos estudantes em áreas como condução de consultas, comunicação, busca de evidências e interpretação de dados relacionados à farmacoterapia.