Objetivo: verificar se escolares portadores e não portadores do alelo de risco para obesidade (A), do polimorfismo rs9939609, no gene FTO (fat mass and obesity associated), apresentam resposta diferente a um programa interdisciplinar com exercício físico, com relação à circunferência da cintura. Método: o polimorfismo no gene FTO rs9939609 foi identificado em 46 escolares, com idades entre 6 e 16 anos, de escolas rurais de Santa Cruz do Sul, RS. Avaliou-se a circunferência da cintura (CC) e demais características antropométricas. A intervenção teve como base estratégias de exercícios da Educação Física e alimentação saudável, além de cuidados posturais. Resultados: após o programa de intervenção, observou-se redução significativa da CC, no grupo experimental, somente para os escolares com a presença do alelo A (genótipos AT + AA: p=0,023). Considerações finais: o programa interdisciplinar com exercícios físicos foi efetivo para redução da circunferência da cintura apenas nos escolares com a presença do alelo de risco para a obesidade, do polimorfismo rs9939609, no gene FTO. Sugere-se a realização de estudos experimentais que avaliem também outros polimorfismos, com uma amostra maior de sujeitos.