Introdução: Concomitantemente ao avanço mecânico e tecnológico observa-se na sociedade contemporânea a emersão de aspectos sedentários e preferência por dietas hipercalóricas que juntas favorecem a instalação da obesidade e declínio da aptidão física, principalmente em crianças e adolescentes em idade escolar. Objetivo: Avaliar e verificar o efeito da adiposidade corporal na aptidão física relacionada à saúde de escolares da rede pública de ensino. Método: A amostra foi composta por 363 escolares de ambos os sexos, com idade entre 9 e 17 anos, selecionados por voluntariedade em escolas do município de Votuporanga/SP. Todos os voluntários foram submetidos a avaliações antropométricas: peso, estatura e dobras cutâneas (tricipital e panturrilha); e testes motores referentes às capacidades físicas: flexibilidade (FLEX), resistência muscular localizada (RML) e aptidão cardiorrespiratória (ApC). Posteriormente foram calculados o Índice de Massa Corporal (IMC) e percentual de gordura (%G). Para análise dos dados foi utilizado o software estatístico SPSS 22.0, adotando significância de p>0,05. Resultados: Foram verificadas correlações negativas entre %G e as capacidades físicas FLEX (r=-0,147; p=0,045) e RML (r=-0,328; p=0,000) nas meninas, e RML (r=-0,330; p=0,000) e ApC (r=-0,475; p=0,000) nos meninos. Conclusão: Quanto maior o %G menor o desempenho dos escolares nos testes motores referentes as capacidades físicas estudadas, portanto, a obesidade nesses indivíduos se caracteriza como fator preponderante à baixa aptidão física, que por sua vez, pode favorecer o surgimento de comorbidades, prejudicando os processos de desenvolvimento humano e início da vida adulta.