Danau Towuti merupakan danau terbesar di kompleks Danau Malili, Sulawesi Selatan dan danau terbesar kedua di Indonesia setelah Danau Toba. Danau Towuti termasuk danau dengan tingkat endemisitas tinggi untuk jenis ikan perairan umum. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kualitas perairan dan potensi produksi ikan di Danau Towuti. Penelitian ini dilaksanakan dengan tiga kali survei di tahun 2008. Aspek ekologi yang diamati terdiri atas beberapa parameter fisika, kimia, dan biologi perairan. Potensi produksi ikan dihitung berdasarkan pada hasil pengukuran produktivitas primer dari setiap stasiun penelitian. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa kualitas perairan Danau Towuti, baik secara fisik, kimia, dan biologi mendukung kehidupan dan perkembangan ikan.Berdasaran pada nilai kandungan phosfat, nitrat, plankton, produktivitas primer dan kandungan khlorofil-a, Danau Towuti diklasifikasikan dalam oligo mesotrofik yaitu tingkat kesuburan rendah sampai sedang. Potensi produksi ikan Danau Towuti dari hasil pengukuran produktivitas primer adalah ±195 ton/tahun.