Os agentes etiológicos da tuberculose pertencem ao Complexo Mycobacterium tuberculosis (MT), porém outras espécies do gênero e de importância médica, denominadas micobactérias não causadoras de tuberculose (MNT), são frequentemente isoladas. A identificação correta e rápida das MNT é obrigatória para o diagnóstico, auxiliando o clínico na conduta terapêutica. A frequência da MT e MNT foi avaliada no período de 2003 a 2009, analisando-se 6.460 amostras clínicas, sendo 5.696 (88,2%) culturas negativas para micobactéria, 715 (11,1%) culturas positivas e 49 (0,7%) não avaliadas. Os isolados mais frequentes foram MT 78,6% (562). Dentre as MNT, a espécie mais isolada foi M. gordonae em 3,09% (22) das amostras, seguida por M. fortuitum em 2,39% (17), Complexo M. avium (MAC) em 2,25% (16), M. kansasii em 1,97% (14) e M. abscessus em 1,83% (13). Quando relacionado ao número de pacientes, o complexo MAC foi o mais isolado (19,4%). Foi observado um declínio na frequência de isolamento de MT no período estudado, enquanto a frequência de MNT teve um aumento de 22,8%. A alta frequência de MT nas amostras é uma constante preocupação para a saúde pública, mas o aumento de doentes com MNT salienta a importância da notificação e do monitoramento epidemiológico desses pacientes.