El uso de métodos analíticos alternativos es una necesidad para la determinación de microelementos con fines de fertilidad de manera rápida, de menor costo y con resultados similares a los procedimientos analíticos ya estandarizados, por lo cual el objetivo de este trabajo fue comparar el método con fluorescencia total de rayos X (TXRF) con los resultados obtenidos para la determinación de los microelementos Cu, Mn, Fe y Zn por absorción atómica. Para ello, se cuantificaron los contenidos de Cu, Mn, Zn y Fe en dos aridisoles, uno ubicado en un bosque natural con alto contenido de materia orgánica (PS1), y otro con bajo contenido de materia orgánica (PS2), como consecuencia de la actividad agrícola intensiva, cuyas muestras se tomaron a una profundidad de diez centímetros. La cuantificación de los microelementos se realizó mediante absorción atómica (método estándar) y con TXRF, método alternativo propuesto. En ambos casos se realizó, previamente, la extracción de los microelementos con acetato de amonio. Para cada condición se tomaron tres muestras con diez repeticiones para treinta unidades experimentales. Los datos fueron analizados mediante prueba de T de Student, con un valor de P<0.05. Los resultados mostraron que en ambos suelos el método por difracción de rayos X presentó valores similares a los obtenidos por absorción atómica para el Mn y el Zn, pero sobreestimó los valores de Cu y Fe, por lo que el uso de este método analítico puede ser usado con seguridad para determinar Mn y Zn, pero no de Cu y Fe. El uso de este método es atractivo debido a su rapidez y menor uso de reactivos, disminuyendo los riesgos de contaminación y obteniendo resultados confiables para la determinación de microelementos con fines de fertilidad o análisis de riesgos de contaminación.