Repurposing CRISPR/Cas9 for in situ functional assays

Malina, Abba; Mills, John R.; Cencic, Regina; Yan, Yifei; Fraser, James S.; Schippers, Laura M; Paquet, Marilène; Dostie, Josée; Pelletier, Jerry

doi:10.1101/gad.227132.113

Cited by 120 publications

(108 citation statements)

References 55 publications

Supporting

Mentioning

104

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…TP53 emerged as a top candidate in our analyses, an expected result that supports our analytic approach. TP53 mutations are associated with RCHOP resistance and are selected for by DNA-damaging agents (44,45). The novelty here is that we demonstrate examples of mutant VAF for TP53 exceeding 50% in rrDLBCL, suggesting a tendency towards loss of the wild-type allele under the selective pressure of immunochemotherapy.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 73%

Genetic Landscapes of Relapsed and Refractory Diffuse Large B-Cell Lymphomas

Morin

Assouline

Alcaide

et al. 2016

Clinical Cancer Research

199

View full text Add to dashboard Cite

Purpose: Relapsed or refractory diffuse large B-cell lymphoma (rrDLBCL) is fatal in 90% of patients, and yet little is known about its biology.Experimental Design: Using exome sequencing, we characterized the mutation profiles of 38 rrDLBCL biopsies obtained at the time of progression after immunochemotherapy. To identify genes that may be associated with relapse, we compared the mutation frequency in samples obtained at relapse to an unrelated cohort of 138 diagnostic DLBCLs and separately amplified specific mutations in their matched diagnostic samples to identify clonal expansions.Results: On the basis of a higher frequency at relapse and evidence for clonal selection, TP53, FOXO1, MLL3 (KMT2C), CCND3, NFKBIZ, and STAT6 emerged as top candidate genes implicated in therapeutic resistance. We observed individual examples of clonal expansions affecting genes whose mutations had not been previously associated with DLBCL including two regulators of NF-kB: NFKBIE and NFKBIZ. We detected mutations that may be affect sensitivity to novel therapeutics, such as MYD88 and CD79B mutations, in 31% and 23% of patients with activated B-cell-type of rrDLBCL, respectively. We also identified recurrent STAT6 mutations affecting D419 in 36% of patients with the germinal center B (GCB) cell rrDLBCL. These were associated with activated JAK/STAT signaling, increased phospho-STAT6 protein expression and increased expression of STAT6 target genes.Conclusions: This work improves our understanding of therapeutic resistance in rrDLBCL and has identified novel therapeutic opportunities especially for the high-risk patients with GCB-type rrDLBCL.

show abstract

Section: Discussionmentioning

confidence: 73%

Genetic Landscapes of Relapsed and Refractory Diffuse Large B-Cell Lymphomas

Morin

Assouline

Alcaide

et al. 2016

Clinical Cancer Research

199

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Genomic PCR analysis of this line indicated the presence of at least two mutated eIF4AII alleles harboring intragenic deletions, whereas RT-PCR analysis indicated the presence of three truncated mRNA transcripts. Deletion Δ1 is a 109 bp deletion that is within the size range usually obtained using the CRISPR/ Cas9-editing system (Mali et al 2013;Malina et al 2013). The serendipitous mispriming event with primers 4AIIext, however, uncovered a larger intragenic deletion, Δ2 (Fig.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

eIF4AII is dispensable for miRNA-mediated gene silencing

Galicia-Vázquez

Chu

2015

RNA

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

MicroRNAs (miRNAs) are short noncoding RNAs that regulate gene expression through partial complementary base-pairing to the 3 ′ untranslated region (UTR) of target mRNAs. Inhibition of translation initiation has been identified as an early event of miRNAmediated gene repression, but the underlying mechanistic details of this process are not well understood. Recently, eukaryotic initiation factor (eIF) 4AII was identified as a critical modulator of miRNA activity with depletion of this factor alleviating miRNA-mediated gene repression. Using the CRISPR/Cas9-editing system, we generated a novel cell line in which expression of eIF4AII was eliminated. The absence of eIF4AII does not affect cell viability, proliferation, or global mRNA translation. Importantly, we show that eIF4AII is dispensable for miRNA-mediated gene silencing.

show abstract

“…82 Bu grubun çalışmasında metastatik akciğer kanserli bir hastanın kanından elde edilen lenfositlerde PD-1 (Programmed cell death protein-1) geni çıkartıldıktan sonra kültür ortamında çoğaltılan hücreler enjeksiyonla hastaya geri verilmiştir Hematolojik kanserlerde yapılan farklı çalış-malarda Arf -/-Eµ-Myc lenfoma farelerde tümör baskılayıcı p53 geninde mutasyonlar oluşturul-duğu ve mixed-lineage leukemia 3 (MLL3) tümör baskılayıcı geninin CRISPR aracılığıyla bozulduğu bildirilmiştir. 83,84 Heckl ve ark., fare hematopoetik kök progenitör hücrelerde yaptıkları CRISPR temelli genom düzenleme çalışmaları ile hızlı bir şe-kilde akut miyeloid lösemi geliştirebildiklerini göstermiştir. 85 Prostat kanseri hücre serisinde (DU145) NANOG ve NANOGP8 genlerinin CRISPR/Cas9 ile çıkartılması, hücrelerin tümöri-jenik potansiyellerini önemli ölçüde zayıflatmış, ayrıca küre formasyonu, göç yeteneği, ilaç direnci gibi malignite ile ilişkili in vitro fenotipik özellik-lerin azalmasını sağlamıştır.…”

Section: Kanserde Crispr Uygulamalariunclassified

From the Immune Response to the Genome Design; CRISPR-Cas9 System: Review

Çetintaş¹,

Kotmakçı²,

Kaymaz³

2017

Turkiye Klinikleri J Med Sci

View full text Add to dashboard Cite

Tur ki ye Kli nik le ri J Med Sci 2017;37(1):27-42 BAĞIŞIKLIK SİSTEMİ OLARAK CRISPR-CasPatojenler, özellikle virüsler, gelişmiş canlılarda olduğu kadar tek hücreli canlılar için de tehdit oluş-turmaktadır. Bu bakımdan tek hücreli canlıların da virüslere karşı genomlarını korumak için bir savunma sistemine sahip olmaları gerekmektedir. Yirmi yıl öncesine kadar, bakterilerin bağışıklık sistemi olarak sadece doğal restriksiyon enzimlerine sahip olduğu biliniyordu. Ancak son yıllarda yapı-lan çalışmalarda, bakterilerin de karşılaştıkları patojenlere karşı kazanılmış bağışıklık sistemi geliştirebildikleri gösterildi. Günümüzde CRISPRCas olarak adlandırılan bu sistemin arkelerin %84'ünde ve bakterilerin ise yaklaşık %45'inde bulunduğu bilinmektedir. 1Prokaryot canlılarda "d dü üz ze en nl li i a ar ra al lı ık kl la ar rl la a b bö ö--l lü ün nm mü üş ş k kı ıs sa a p pa al li in nd dr ro om mi ik k t te ek kr ra ar r k kü üm me el le er ri i" (CRISPR: clustered regularly interspaced short palindromic repeats) adı verilen belirli DNA bölge-leri kazanılmış bağışıklık sisteminin temelini oluşturmaktadır.2,3 CRISPR bölgelerinin tekrarlayan palindromik dizileri ilk olarak Ishino ve ark. tarafından Escherichia coli'de Apoptoz inhibitör protein (IAP: The inhibitory of apoptosis protein) gen dizisi çalışılırken bulunmuştur. 4 IAP geninin dizi analizi sırasında, aşağı akış bölgesinde 29 nük-leotit (nt) tekrar kümeleri ve bu tekrarların arasında 32 nt ara DNA bölgeleri belirlenmiş ancak fonksiyonları anlaşılamamıştır. Sonraki yıllarda yapılan çalışmalar tekrarlayan DNA bölgelerinin çok sayıda bakteri ve arkelerde bulunduğunu, ayrıca bu bölgelerdeki DNA dizilerinin plazmitler, transpozonlar ve bakteriyofajlar gibi ekzojen mobil genetik elementlerle özdeş olduğunu göstermiştir. 5Biyoinformatik analizler CRISPR bölgelerinin, yakınlarında bulunan C Ca as s (CRISPR associated) genleri ile ilişkili olduğunu göstermekle birlikte, birçok Cas geninin nükleaz ve helikaz gen ailelerine benzer diziler içerdiğinin keşfedilmesini sağlamış-tır.3 Bu bulgular CRISPR/Cas sisteminin RNA-aracılı bir savunma sistemi olabileceği hipotezini ortaya çıkartmıştır. Bu hipotez Barrangou ve ark.nın 2007 yılında yapılan çalışmasında doğru-lanmış, CRISPR sekanslarının ve ilişkili Cas proteinlerin bakteriyofaj enfeksiyonuna karşı müdahale yönelttiğini kanıtlamıştır.2 Son 10 yılda RNA-aracılı müdahale olarak CRISPR/Cas mekanizması büyük oranda aydınlatılmıştır.CRISPR bölgelerinin en belirgin özelliği, içer-dikleri tekrarlayan kısa DNA dizileridir (Şekil 1). Palindromik olan bu kısa DNA bölgeleri 5'den 3'e ve 3'den 5'e, her iki yönde de aynı okunan dizilerdir. Palindromik DNA dizi tekrarlarının arasında ise aralayıcı (spacer) adı verilen DNA bölgeleri bulunur. Özgün DNA dizilerinden oluşan aralayıcı bölgeler, kazanılmış bağışıklık sisteminin belleğini oluşturan temel öğelerdir. Bu bölgeler genellikle bir virüsün veya plazmitin nükleik asitlerinden prokaryot genomuna alınır. Prokaryot bir organizma aynı virüs ile tekrar karşılaştığında ise aralayıcı diziler tan...

show abstract

Repurposing CRISPR/Cas9 for in situ functional assays

Cited by 120 publications

References 55 publications

Genetic Landscapes of Relapsed and Refractory Diffuse Large B-Cell Lymphomas

Genetic Landscapes of Relapsed and Refractory Diffuse Large B-Cell Lymphomas

eIF4AII is dispensable for miRNA-mediated gene silencing

From the Immune Response to the Genome Design; CRISPR-Cas9 System: Review

Contact Info

Product

Resources

About