Existe la necesidad de utilizar el agua de manera eficaz y eficiente, porque la disponibilidad del agua es escasa y es el principal factor limitante de la producción agrícola. Este estudio se realizó para comparar la respuesta del estrés hídrico (25%) de cuatro poblaciones de tomates nativas y un híbrido comercial, en comparación con un régimen suficiente de riego (100%). Las variables evaluadas durante el ciclo de cultivo fueron: clorofila, área foliar, rendimiento, peso por fruto, número de fruto, número de lóculos, firmeza, sólidos solubles totales y biomasa. Los resultados muestran que todas las características agronómicas y de calidad de fruta presentaron diferencias significativas (P ≤ 0.05). La variedad comercial Cid F1 (Harris Moran®) en riego (100%) presentó el doble de área foliar que la población Campeche. El déficit hídrico provoco una disminución del área foliar en todos los genotipos y el testigo resulto el más afectado (35%). El mayor rendimiento en cuatro racimos lo produjo el testigo y Oaxaca 100% (3.7 y 3.6 kg planta-1) y la menor producción fue la población Campeche 100% (2.2 kg planta-1). El déficit hídrico provocó una reducción en el rendimiento, en la variedad Oaxaca (64%) resultando la más afectada. En conclusión, los genotipos de mayor rendimiento resultaron más afectados por el déficit hídrico, el cual incremento los sólidos solubles, en aquellos genotipos de menor rendimiento.