Ökosysteme setzen sich aus belebten (biotischen) und unbelebten (abiotischen) Komponenten zusammen, die über Ökosystemprozesse miteinander verbunden sind. Hier stehen also Organismen (Pflanzen, Tiere, Mikroorganismen) in Wechselbeziehung mit ihrer Umwelt. Die Wechselbeziehungen zwischen den verschiedenen Komponenten können sich gegenseitig positiv oder negativ beeinflussen (Smith und Smith 2009). Grundsätzlich wird zwischen natürlichen Ökosystemen (z.B. tropische Regenwälder, boreale Wälder, Hochgebirge, Wüsten) und menschlich geprägten Ökosystemen (z.B. Agroökosysteme, Ökosystem Stadt) unterschieden. Global gesehen treten starke Wechselbeziehungen zwischen verschiedenen Ökosystemen auf. Alle Ökosysteme der Biosphäre sind daher mehr oder weniger menschlich beeinflusst. Die räumliche Abgrenzung von Ökosystemen ist nicht immer leicht. Es kann grundsätzlich zwischen aquatischen (Lebensgemeinschaften im Wasser) und terrestrischen Ökosystemen (Lebensgemeinschaften an Land) unterschieden werden, jedoch gibt es, sowohl regional als auch global gesehen, Wechselbeziehungen zwischen diesen Typen. Beispielsweise ist ein aquatisches Ökosystem (z.B. ein Teich) von einem terrestrischen Ökosystem umgeben. Im Teich lebende Organismen (z.B. Amphibien, Libellen) nutzen auch die Umgebung oder werden durch Nährstoffeinträge aus den umgebenden Landökosystemen beeinflusst. Auch die zeitliche Abgrenzung eines Ökosystems ist nicht immer eindeutig, da Ökosysteme ständig auf biologische und klimatische Einflüsse reagieren. Ökosystemprozesse sind teilweise sehr träge, und Auswirkungen können erst mit großer zeitlicher Verzögerung sichtbar werden. Beispielsweise wirken sich Sturmereignisse, die ganze Waldbestände vernichtet haben, jahrzehntelang auf Ökosystemprozesse in diesen Wäldern aus. Daraus folgt, dass die Untersuchung von Schädlingskalamitäten oder des Wasserkreislaufs in einem Wald durch vorangegangene Ereignisse beeinflusst sein kann.