Objective: We describe two cases of treatment failure due to intratreatment acquisition of antibiotic resistant microorganisms with the aim of highlighting the possible molecular mechanisms by which treatment failure occurred. Patients and Methods: We analyzed the clinical histories and the isolates obtained from 2 patients, one with a urinary tract infection (UTI) by E. coli, initially treated with cefuroxim (to which the isolate was susceptible), and another with osteoarthritis (OA) treated initially with meropenem plus vancomycin, developing K. pneumoniae susceptible to meropenem. During treatment, in both patients, resistant microorganisms were isolated, and empirical therapy was modified, initially with ceftriaxone and afterwards meropenem in case 1, and adding amikacin in case 2. Both strains (per patient) were compared by PFGE and resistance genes were sought by PCR. Results: Regarding the UTI, the initial strain acquired an IncFIB SHV-5-producing plasmid. In the OA case, the initial susceptible strain was substituted by a CTX-M-9 and AadB-AadA2-Aac(6')Ib-producing K. pneumoniae. Por otra parte, la resistencia a aminoglucósidos está mediada principalmente por la producción de enzimas que modifican su estructura.Dependiendo de la modificación de la molécula, estas enzimas se denominan adenilantes, acetilantes o fosforilantes de aminoglucósidos 9 . Los genes que codifican para dichos mecanismos frecuentemente se encuentran en elementos genéticos como integrones o trasposones, los cuales pueden encontrarse a su vez en plásmidos con la capacidad de ser transferidos entre bacterias mediante el fenómeno de conjugación 10 . La elección de un agente antimicrobiano requiere considerar factores como: patrones locales de resistencia; la identificación del agente etiológico y su perfil de susceptibilidad; las características del antimicrobiano (propiedades farmacocinéticas y farmacodinámicas, capacidad bactericida, espectro de acción, concentración en diferentes parénquimas o líquidos biológicos, forma de administración e intervalos); factores dependientes del huésped (sitio de infección, prótesis, estado de inmunidad) y el entorno en donde se adquiere la infección 11,12