Role of a Peptide Tagging System in Degradation of Proteins Synthesized from Damaged Messenger RNA

Keiler, Kenneth C.; Waller, P. R. H.; Sauer, Robert T.

doi:10.1126/science.271.5251.990

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“…4.5S RNA and Ffh protein constitute the signal recognition particle, which recognizes the signal sequence of new peptide synthesized by ribosome [16]. TmRNA has a tRNA analogous domain and a mRNA analogous domain, it can relieves synthesizing illegal mRNAs from ribosomes, and tags the synthesized illegal peptides with degradable signals [17][18].…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Esre: A novel essential non‐coding RNA in Escherichia coli

Chen¹,

Wang²,

Li³

et al. 2012

FEBS Letters

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Edited by Tamas DalmayKeywords: Escherichia coli sRNA Essential sRNA Esre yigP a b s t r a c t YigP gene (GeneID: 948915) locates between ubiquinone biosynthetic genes ubiE and ubiB in Escherichia coli. GeneBank annotates yigP as a putative protein-coding gene. In this study, we found a new essential sRNA gene, esre, locates within the region of yigP. The E. coli strain with inactive esre must rely on a complementary plasmid to survive. Moreover, RACE experiments showed esre encodes an RNA molecule of 252 nt. Further experiments revealed esre gene is immune to frame shift mutations and the function of esre depends mostly on the RNA secondary structure, which are typical traits of sRNA. Since it is difficult to predict the target of an essential sRNA, more research is needed to reveal the function and mechanism of esre.

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Section: Introductionmentioning

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Esre: A novel essential non‐coding RNA in Escherichia coli

Chen¹,

Wang²,

Li³

et al. 2012

FEBS Letters

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“…However, certain plant-specific RNA viral genomes contain tRNA-like structures that can be specifically aminoacylated by valine, histidine and tyrosine, and this tRNA mimicry is important for diverse aspects of viral infectivity [29]. In bacteria, it plays a role in tagging abnormal proteins for proteolysis [30]. …”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

A stable tRNA-like molecule is generated from the long noncoding RNA GUT15 in Arabidopsis

et al. 2018

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The Arabidopsis GUT15 RNA belongs to a class of noncoding RNAs that are expressed from the intergenic regions of protein-coding genes. We show that the RNA polymerase II transcribed GUT15 transcript serves as a precursor for two stable RNA species, a tRNA-like molecule and GUT15-tRF-F5, which are both encoded by the final intron in the GUT15 gene. The GUT15-encoded tRNA-like molecule cannot be autonomously transcribed by RNA polymerase III. However, this molecule contains a CCA motif, suggesting that it may enter the tRNA maturation pathway. The GUT15-encoded tRNA-like sequence has an inhibiting effect on the splicing of its host intron. Moreover, we demonstrate that the canonical tRNA genes nested within introns do not affect the splicing patterns of their host protein-coding transcripts.

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“…Cela a pour conséquence : (1) de bloquer le ribosome (ainsi que le chapelet de ribosomes en amont sur le message en cours de traduction), empêchant ainsi leur recyclage sur d'autres ARNm à traduire ; (2) de produire un polypeptide incomplet qui reste bloqué sur l'ARNt dans le site P du ribosome ( Figure 3A). Afin de pallier ces défauts traductionnels, les bactéries ont développé un système de contrôle qualité de la synthèse protéique appelé trans-traduction, porté par un ARN particulier, l'ARN transfert-message ou ARNtm, hybride entre un ARN de transfert et un ARN messager ( Figure 3B) [8][9][10].…”

Section: Revuesunclassified

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Gillet

Felden

2007

Med Sci (Paris)

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Le ribosome est la machinerie enzymatique permettant la synthèse protéique La biosynthèse des protéines est un mécanisme complexe, indispensable à la vie de toute cellule et conservé chez l'ensemble des organismes vivants. Le code génétique est construit à partir de quatre types de nucléotides diffé-rents regroupés en triplets (les codons) au sein des acides ribonucléiques messagers (ARNm). Grâce aux adaptateurs que sont les ARN de transfert (ARNt), l'information géné-tique portée par les ARNm est fidèlement traduite en une séquence comportant vingt acides aminés différents (la protéine), permettant ainsi de passer d'un alphabet de quatre à vingt lettres. Au coeur de ce système de traduction se trouvent les ribosomes, énormes particules constituées d'ARN et de protéines, assurant à la fois la fidélité du décodage de l'information génétique ainsi que la formation des liaisons entre acides aminés lors de la fabrication de la protéine naissante. La synthèse protéique est un > La biosynthèse des protéines est un mécanisme vital permettant de traduire précisément l'information génétique de tout organisme vivant en une séquence d'acides aminés. Les bactéries ont développé au cours de leurs millions d'années d'évolution un système de « contrôle-qualité » de cette traduction fondé sur l'utilisation d'un acide ribonucléique (ARN) étonnant, l'ARNtm, qui fonctionne à la fois comme un ARN de transfert (ARNt) et un ARN messager (ARNm). Lorsque la traduction de l'information génétique est altérée par la présence d'un message tronqué, l'ARNtm, associé à la petite protéine SmpB, permet à la fois de libérer les ribosomes bloqués lors de cette traduction, et de détruire les protéines défec-tueuses engendrées. Les récents résultats biochimiques, génétiques et structuraux concernant cet indissociable couple « ARN-protéine » permettent de mieux appréhender son mécanisme d'action ainsi que d'établir un lien entre sa pré-sence et la survie ou la virulence des bactéries. < Université de Rennes I, Inserm U835, UPRES JE 2311, Biochimie Pharmaceutique, 2, avenue du Professeur-Léon-Bernard, 35043 Rennes, France. rgillet@univ-rennes1.fr bfelden@univ-rennes1.fr processus complexe, en constante adaptation par rapport aux besoins cellulaires. À titre d'exemple, une bactérie en phase de croissance peut mobiliser l'essentiel de son énergie à la synthèse de nouvelles protéines. Le poids sec en ribosomes peut dès lors atteindre 45 % du poids de la cellule ! Sachant que chaque ribosome ajoute en moyenne vingt acides aminés à la seconde, ce sont des milliers de nouvelles protéines qui voient le jour en quelques instants. Ce n'est que depuis quelques années, grâce à l'acquisition de nombreuses données expérimentales biochimiques et génétiques ainsi qu'à l'extraordinaire avancée de la biologie structurale (notamment la cristallographie et la cryo-microscopie électronique), que le fonctionnement des ribosomes commence à être compris à l'échelle atomique [1][2][3][4][5][6]. Les ribosomes sont universellement constitués de deux sous-unités, respectivemen...

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Role of a Peptide Tagging System in Degradation of Proteins Synthesized from Damaged Messenger RNA

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Esre: A novel essential non‐coding RNA in Escherichia coli

Esre: A novel essential non‐coding RNA in Escherichia coli

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