La flora del Santuario de Fauna y Flora de Iguaque, única área protegida de la provincia de Ricaurte, Boyacá, Colombia, representa la extraordinaria diversidad vegetal de la Cordillera Oriental colombiana. Nuestro primer objetivo consiste en reportar 88 novedades para esta flora regional, incluidas once especies de Lycophyta y Monilophyta y 77 especies de Angiospermae, con base en trabajo de herbario, de campo y reciente literatura. Sobresalen nuevos registros de Cactaceae, Cleomaceae, Cornaceae, Monimiaceae, Osmundaceae, Phrymaceae, Rosaceae, Woodsiaceae y Xyridaceae. Burmeistera glabrata (Campanulaceae), Cornus peruviana (Cornaceae) y Nothoscordum gracile (Amaryllidaceae) son nuevos reportes para el departamento de Boyacá. Los taxones endémicos Melpomene anazalea (Polypodiaceae), Piper daniel-gonzalezii var. moniquiranum (Piperaceae), Masdevallia aenigma y Stelis boyacensis (Orchidaceae), Espeletia cayetana y E. raquirensis (Asteraceae) presentan evidente grado de amenaza. Nuestro segundo objetivo consiste en actualizar la nomenclatura de 31 binomios, siete de ellos, de las familias Acanthaceae, Asteraceae, Crassulaceae, Euphorbiaceae, Poaceae y Rosaceae, con estatus taxonómico incierto. Nuestro trabajo permitirá actualizar los siguientes taxones en el Herbario Nacional Colombiano y en la catalogación de la Flora de Colombia: a nivel de género, Bartsia, Blechnum, Cheilanthes, Chenopodium, Cleome, Cordia, Diplostephium, Habracanthus, Hyptis, Lycopodium, Schefflera, Terpsichore y Vasquezia; y a nivel de especie, Melpomene anazalea, Opuntia soederstromiana, Rubus alutaceus, Spilotantha amanda, Stelis alleyoop, S. angustifolia, S. boyacensis y S. pleistantha.