El manejo forestal comunitario sustentable favorece la economía de las comunidades rurales sin comprometer la capacidad de regeneración ni los servicios ecosistémicos que brindan las selvas, como el almacenamiento de carbono. Esta actividad ha sido ampliamente documentada en la Península de Yucatán, pero escasamente evaluada en el estado de Yucatán. En esta investigación se hizo una comparación de composición arbórea, estructura, diversidad y carbono almacenado en la biomasa aérea en tres áreas de selva mediana subcaducifolia con diferente tiempo de regeneración después de un aprovechamiento forestal en el ejido San Agustín (AAF1, AAF10 y AAF+50 años). En cada una se establecieron dos conglomerados conformados por cuatro parcelas circulares de 400 m2, en las que se identificaron y midieron (diámetro y altura) todos los árboles de diámetro mayor o igual a 7.5 cm. Se analizó la distribución de tamaños de los árboles, la diversidad de especies, su valor de importancia relativo y la biomasa aérea (a partir de ecuaciones alométricas). La especie más dominante fue Bursera simaruba y el AAF+50 presentó la menor dominancia. La distribución de clases diamétricas no varió entre las áreas de aprovechamiento y mostró un patrón de J invertida, lo cual sugiere un alto potencial de regeneración. La diversidad tampoco varió entre las áreas de aprovechamiento, mientras que el carbono almacenado en la biomasa aérea sí, siendo mayor en el AAF+50 (65.2 t /ha). Los resultados indican que el plan de manejo establecido por el ejido no ha afectado la diversidad arbórea ni su potencial de regeneración y permite un alto almacenamiento de carbono.