Segregation Analysis of SSR, SNP, and AFLP Markers in F2 Population of Solanum lycopersicum × S. arcanum (Analisis Segregasi Marka SSR, SNP, dan AFLP pada Populasi F2 Persilangan Solanum lycopersicum × S. arcanum)

Abstract

ABSTRAKPenyimpangan segregasi marka biasa terjadi pada persilangan antarspesies pada berbagai komoditas tanaman. Penelitian terdahulu mengenai pemetaan lokus ketahanan terhadap jamur hawar dini (Alternaria solani) menunjukkan penyimpangan segregasi dari 52% marka yang terpetakan pada peta pautan 176 progeni F 2 dari persilangan Solanum lycopersicum cv. Solentos × S. arcanum LA2157. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis lebih detil segregasi marka pada peta pautan tersebut dan menentukan penyebab penyimpangan segregasi dengan menghitung frekuensi alel dan genotipe F 2 dari tiap marka. Dari 371 marka yang terpetakan, 192 di antaranya menyimpang dari rasio Mendel 1 : 2 : 1. Penyimpangan marka terjadi pada semua kromosom, sebesar 1% sampai 9%. Surplus alel homozigot S. arcanum (40%) menjadi penyumbang terbesar penyimpangan segregasi, diikuti oleh heterozigot (18%) dan homozigot S. lycopersicum (5%). Frekuensi alel dari 152 marka menyimpang dari frekuensi homogenitas alel yang diharapkan, yang mungkin disebabkan oleh seleksi gametofitik. Enam puluh satu marka menyimpang dari distribusi frekuensi genotipe F 2 yang diharapkan, yang dapat diakibatkan oleh segregasi zigotik. Segregasi 37 marka menyimpang dari frekuensi homogenitas alel dan distribusi genotipe F 2 yang diharapkan. Marka dengan segregasi menyimpang tetap dapat digunakan dalam analisis pautan karena lokus ketahanan terhadap jamur hawar dini juga teridentifikasi pada daerah kromosom yang mengandung marka-marka terdistorsi. Identifikasi lebih lanjut mengenai mekanisme penyimpangan segregasi memerlukan kajian pemetaan yang ekstensif dan mendalam.Kata kunci: Tomat, Solanum arcanum, distorsi segregasi marka. ABSTRACTDistorted marker segregation is a common phenomenon in interspecific cross of various crops. Previous mapping study of early blight fungus (Alternaria solani) resistance loci showed 52% marker distortion in the genetic linkage map of 176 F 2 progenies derived from Solanum lycopersicum cv. Solentos × S. arcanum LA2157. The objectives of this study were to analyze in detail the marker segregation in the map and to determine the cause of segregation distortion by calculating the allele and genotype frequencies of each marker. Out of 371 mapped markers, 192 markers deviated from the expected Mendelian ratio of 1 : 2 : 1. Distorted markers occurred in all chromosomes, ranging from 1% to 92%. Surplus of S. arcanum homozygotes contributed most to the skewness (40%), followed by heterozygotes (18%), and S. lycopersicum homozygotes (5%). The allele frequencies of 152 markers deviated from the expected allele homogeneity frequency, indicating that their segregation might be affected by gamethophytic selection. Sixty-one markers deviated from the expected F 2 genotype frequency distribution, indicating that their segregation might be influenced by zygotic selection. Thirty-seven of the distorted markers showed deviation from expected frequencies of allele homogeneity and F 2 genotype frequency distribution. Distorted markers can be retained in linkage analy...