Spondyloartropatie zapalne (SpA) to grupa chorób o podobnych cechach klinicznych i uwarunkowaniach genetycznych. Zakażenia bakteryjne układu pokarmowego i moczowo-płciowego są głównym czynnikiem środowiskowym związanym z rozwojem SpA. Nowe dane wskazują, że bakterie wewnątrzkomórkowe mogą rozprzestrzeniać zakażenie do innych miejsc anatomicznych. U chorych na SpA często występują objawy pozastawowe, zwłaszcza zapalenie jelit. Postęp w zrozumieniu roli mikrobioty jelitowej w homeostazie oraz nowe dane wskazujące na udział zaburzeń mikrobiomu w rozwoju różnych chorób pozwalają lepiej zrozumieć patogenezę SpA. Przypuszcza się, że SpA może się rozwijać na skutek przeniesienia do stawów odpowiedzi immunologicznej, która jest pierwotnie indukowana w jelicie. Przyczyną zapalenia jelit w SpA może być dysbioza, spowodowana przez czynniki genetyczne i środowiskowe.