AbstrakDi Indonesia terdapat empat jenis virus dengue atau demam berdarah. Untuk melihat tingkat kesamaan (similarity) antara dua sekuens virus, dibutuhkan proses pensejajaran pada sekuens virus. Metode yang digunakan untuk pensejajaran pada dua sekuens virus adalah Super Pairwise Alignment (SPA). Nilai fungsi objective pada SPA adalah nilai penalty antara dua sekuens virus. Karena nilai fungsi objective tergantung pada parameter SPA, maka pada penelitian ini nilai parameter SPA akan diestimasi menggunakan metode heuristik seperti Particle Swarm Optimization (PSO). Simulasi diterapkan pada enam kombinasi virus dengue untuk proses estimasi parameter SPA. Berdasarkan hasil simulasi pada enam kombinasi virus dengue, PSO dapat menemukan parameter SPA yang optimal secara pendekatan. Parameter SPA yang optimal juga dapat mengetahui posisi dan panjang dari unit sekuens yang mengalami penambahan atau penghapusan.
AbstractIn Indonesia, there are four dengue virus types. To see the similarity between two virus sequences, it is required alignment process to virus sequences. The method used for aligning on two virus sequences is Super Pairwise Alignment (SPA). Objective function on SPA is the penalty score between two virus sequences. Because the value of objective function depends on SPA parameters, then in this research, SPA parameters will be estimated by heuristic methods such as Particle Swarm Optimization (PSO). Simulations are applied in six combinations of dengue virus for estimation SPA parameters. Based on simulation results on six combinations of dengue virus, PSO can find optimal SPA parameters in approaching. Optimal SPA parameters also can give positions and lengths of sequences unit occuring insertions or deletions.