Se llevó a cabo un estudio basado en una encuesta transversal en sistemas productivos bovinos de cría (n= 19) y de leche (n= 21) y en caprinos (n= 43) en diferentes ecorregiones de Salta. El objetivo del trabajo fue estudiar la asociación entre la seroprevalencia de anticuerpos anti Neospora caninum y aquellos factores relacionados con los sistemas productivos. Se procesaron 1974 sueros mediante la técnica de Inmunofluorescencia Indirecta. Para el análisis estadístico de las variables se utilizó el chi-cuadrado, el Odds Ratio (OR), la regresión logística y análisis de correspondencias. De los 83 rodeos y majadas visitadas el 91,6% tuvo al menos un animal seropositivo. La prevalencia general fue del 34,4±27% (95% IC: 28,8-40,7%), hallándose diferencias significativas (p<0,006) entre la prevalencia de los sistemas de cría (17,6 ±10%) en relación a la de los de leche (37,4 ±16%) y caprinos (40,3 ±33,1%). Los factores de riesgo asociados a una seroprevalencia de N. caninum ≥20% de los bovinos muestreados fueron el sistema lechero (OR 10,2; 95% IC: 2,39-44,1) y el porcentaje de abortos mayores al 7% (OR 3,85; 95% IC: 1,0-14,8) y de los caprinos fue el porcentaje de perros mayor al 5 % en relación con el total de cabras en servicio (OR 6,8; 95% IC: 1,85-25,2) y tendencia a asociarse con los sistemas semiintensivos con cierta suplementación (OR 3,25; 95% IC: 0,92-14,2). Los presentes resultados muestran que las infecciones por N. caninum en el tambo bovino y en las majadas caprinas de Salta y Jujuy son importantes y ameritan profundizar los estudios.