Introducción. Estudios mundiales han demostrado la contribución de los alelos de la apolipoproteína E en las variaciones de los lípidos y las apolipoproteínas. Objetivo. Determinar la frecuencia alélica y genotípica de la apolipoproteína E y su asociación con los lípidos y apolipoproteínas en escolares de la región centro-oriental de Colombia. Materiales y métodos. El tamaño de la muestra fue de 691 escolares entre los 5 y 15 años, de los departamentos de Cundinamarca, Boyacá, Meta, Santander y Norte de Santander. Los genotipos de la apolipoproteína E se identificaron por reacción en cadena de la polimerasapolimorfismo de longitud del fragmento de restricción. Se analizaron las variables lipídicas de colesterol total, colesterol HDL, colesterol LDL, triglicéridos y colesterol VLDL, apolipoproteína A-I y apolipoproteína B-100. Resultados. Las frecuencias de los alelos ε2, ε3 y ε4 fueron 0,04, 0,86 y 0,08, respectivamente. El grupo E4 (E4/3-E4/4) comparado con el grupo E2 (E3/2-E2/2) presentó las concentraciones plasmáticas más altas de colesterol total, colesterol LDL y apolipoproteína B-100 (p=0,014, 0,001 y 0,000, respectivamente), lo mismo ocurre al comparar el grupo E3/3 con el E2 (p=0,015, 0,002 y 0,002, respectivamente); la influencia del polimorfismo de la apolipoproteína E fue mayor en las niñas. Conclusiones. La asociación del alelo e4 con niveles más altos de colesterol total, colesterol LDL y apolipoproteína B-100 muestra la importancia de realizar otros estudios sobre el polimorfismo de la apolipoproteína E, su interacción con otros genes, estilos de vida y factores de riesgo y su posible contribución para el desarrollo de enfermedad cardiovascular.