OBJECTIvE: This study aimed to determine the sex in human craniums using methodologies of Physical Anthropology, quantitative (Forensic Data Anthropology Bank, FDB, 1986) and one qualitative (Walker, 2008) and genetic analysis by amelogenin. METhODS: The sample was composed of 66 skulls (34 males and 32 females) from the Center for Study and Research in Forensic Science, Guarulhos, SP. The methodologies were applied by two researchers who were unaware of the cranium's sexes. For the statistical analysis, there were performed descriptive analysis, average, standard deviation, linear discriminant analysis and logistic regression. RESUlTS: The qualitative methodology presented an accuracy of 89.52%. For the DNA, it was possible to determine the sex in 86.15% of the sample. Analyzing the results for each skull in three different methodologies, we reached 100% correct. CONClUSION: As a result of this study, it is recommended that physical anthropology be the chosen method if it presents good accuracy when applied to different populations or if it is validated for the analyzed population. Otherwise, genetic analysis should be used for the determination of the sex.Key words: Physical Anthropology; DNA; Molecular Biology; Sex characteristics; Sex differentiation Estudo estimativo do sexo em crânios oriundos da região metropolitana de Guarulhos utilizando Antropologia Física e DNA RESumo OBJETIvO: O presente estudo propõe determinar o sexo de crânios humanos, a partir de metodologias quantitativa (Forensic Data Anthropology Bank, FDB, 1986) e qualitativa (Walker, 2008) da antropologia física além de análise genética da amelogenina. MéTODOS: A amostra foi composta de 66 esqueletos (34 masculinos e 32 femininos) do Centro de Estudos e Pesquisa Forense de Guarulhos, SP. As metodologias de avaliação foram aplicadas por dois pesquisadores que desconheciam o sexo dos crânios. Para análise estatísitica, foi realizada análise descritiva (média e desvio-padrão). RESUlTADOS: A análise qualitativa alcançou uma acurácia de 89.52%. A partir da análise do DNA, foi possível determinar o sexo em 86.15% das amostras. Ao avaliar, cada crânio, seguindo as 3 metodologias, foi possível alcançar 100% de acurácia. CONClUSãO: A partir dos resultados do presente estudo, fica recomendado o uso da antropologia física para a determinaçnao do sexo, desde que esteja validada para a população em análise. Além disso, a análise genética deve ser utilizada para a determinação do sexo de crânios humanos.