Shotgun Metagenomic Analysis Reveals New Insights into Bacterial Community Profiles in Tempeh

Abstract

Objective: Amplicon sequencing targeting 16S ribosomal RNA (rRNA) has been widely used for the profile analysis of the microbial community from fermented food samples. Previous results of 16S rRNA analysis metagenome showed that Firmicutes was the dominant phylum in tempeh. However, polymerase chain reaction (PCR) steps on amplicon sequencing analysis and intragenomic heterogeneity within 16S rRNA are believed to contribute to bias in the estimation of microbial community composition. An alternative approach known as shotgun metagenomic might be able to avoid this limitation. In this study, we employed total metagenomic DNA fragments that were sequenced directly for taxonomic dan functional profiling analysis.Results: Taxonomic profiling showed that Proteobacteria, Firmicutes, and Bacteroidetes were the dominant phyla from the direct shotgun metagenomic analysis in all tempeh samples. In terms of composition, this shotgun metagenomic study revealed that Proteobacteria was the most abundant phylum. Functional profiling showed that iron complex outer-membrane recepter protein (KEGG ID: K02014) was the most transcribed genes based in this metagenomic analysis. The binning pipeline could reveal almost complete whole genome sequence of Lactobacillus fermentum, Enterococcus cecorum, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, and Acinetobacter baumannii.

Pengaruh Disiplin Kerja, Motivasi Dan Pengawasan Terhadap Kinerja Karyawan PT Batam Trans Gasindo Di Kota Batam

“…Motivasi menurut Samsudin, yaitu proses mempengaruhi serta memberikan sebuah dorongan pada seorang individu maupun kelompok dalam pekerjaan agar dapat melakukan sesuatu hal di dalam perusahaan yang telah di tetapkan untuk kemajuan perusahaan (Pramono et al, 2021). Menurut McClelland, motivasi kerja adalah seperangkat kekuatan baik yang berasal dari dalam diri maupun dari luar diri seseorang yang mendorong untuk memulai berperilaku kerja sesuai dengan format, arah, intensitas dan jangka waktu tertentu (Suwanto, 2020). Menurut Sedarmayanti, motivasi merupakan kekuatan yang mendorong seseorang untuk melakukan suatu tindakan atau tidak yang pada hakikatnya ada secara internal dan eksternal positif atau negatif, motivasi kerja adalah suatu yang menimbulkan dorongan atau semangat kerja (Sedarmayanti & Haryanto, 2017).…”