El organismo humano mantiene una relación simbiótica con una gran variedad de microorganismos bacterianos, virales y fúngicos a los que se denomina microbiota. La microbiota y sus genes relacionados, el microbioma, desempeñan funciones fisiológicas, aunque hay creciente evidencia que apunta al hecho de que la pérdida de esta homeostasis contribuye a procesos asociados a enfermedad, incluyendo las enfermedades reumáticas, en donde un creciente cuerpo de evidencia apunta al papel que juega esta disbiosis en el desencadenamiento del proceso patogénico, su mantenimiento y el daño asociado a la enfermedad, así como la respuesta al tratamiento, particularmente en artritis reumatoide, espondiloartritis y lupus eritematoso sistémico, entre otras.