Introducción. Estudios previos evidencian problemas de salud mental en estudiantes de pre-grado de la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM). Objetivo. Evaluar si existen diferencias entre la frecuencia de problemas de salud mental entre los estudiantes de primer año, y el resto de años de estudio, en alumnos de las cinco escuelas profesionales de la Facultad de Medicina de la UNMSM. Métodos. Estudio transversal. Se utilizaron instrumentos validados para evaluar problemas de salud mental: intento suicida, pensamiento homicida, conducta disocial, problemas con el alcohol, depresión y angustia. Adicionalmente, se midieron niveles de resiliencia. Se incluyeron estudiantes de todas las escuelas profesionales de la Facultad de Medicina, en dos grupos de análisis: estudiantes de primer año y estudiantes de los otros años. Resultados. Se evidenció que en alumnos de primer año se encontró un 7,5% de intento suicida, 18,9% de conducta disocial y 21,9% de pensamiento homicida. Asimismo, se encontró un 4,8% de problemas con el alcohol, 8,5% de depresión y 3,2% de angustia. La frecuencia de problemas de salud mental fue mayor según transcurren los años de estudio, con diferencias estadísticamente significativas sólo en depresión, angustia y problemas con el alcohol. El 29,3% de encuestados tuvo bajo nivel de resiliencia. Conclusión. Se encontró frecuencias preocupantes de problemas de salud mental en los estudiantes de pregrado de la Facultad de Medicina de la UNMSM, aunque un porcentaje de alumnos ingresa a la universidad con problemas de salud mental. El entorno universitario sería factor agravante en depresión, ansiedad y problemas con el alcohol.