Introducción. El ambiente cervicovaginal, que comprende el cuello uterino y la vagina, alberga una diversidad de microorganismos, conocida como microbiota cervicovaginal, que principalmente consiste en bacterias. Sin embargo, desequilibrios en esta flora pueden dar lugar a flujo vaginal anormal e infecciones vaginales, que son un problema de salud pública a nivel global y regional, afectando a las mujeres en América Latina, incluido Ecuador. Objetivo. Identificar microorganismos no epiteliales en muestras cervicovaginales para contribuir a estrategias de prevención y tratamientos personalizados, mejorando la atención y bienestar de mujeres en edad fértil. Metodología. Se utilizó un enfoque cuantitativo y el método científico sintético de tipo exploratorio. Se recolectó información sociodemográfica a través de entrevistas individuales y exámenes microbiológicos de muestras cervicovaginales. El diseño de la investigación fue no experimental. La población de estudio fueron pacientes del Laboratorio de Citología de la Facultad de Ciencias de la Salud de la Universidad Nacional de Chimborazo, totalizando 93 pacientes. Resultados. Los resultados revelaron que el 31,2% de las muestras presentaron vaginosis bacteriana, seguida de Cándida albicans con el 8,6% y Tricomonas vaginalis con el 7,5%. Además, el 51,6% de las mujeres mostraron resultados normales sin presencia de microorganismos no epiteliales. Conclusión. Este estudio detalla la diversidad de microorganismos en muestras cervicovaginales, destacando la alta prevalencia de vaginosis bacteriana, seguida por Cándida albicans y Tricomonas vaginalis. Estos hallazgos subrayan la importancia de un análisis cuidadoso del microbiota para comprender la salud vaginal y destacan la complejidad del ecosistema vaginal.