Este artigo apresenta os resultados de uma pesquisa qualitativa que teve como objetivo compreender como os Sistemas Apostilados de Ensino (SAEs) têm interferido na autonomia de professores de ciências da natureza e de matemática em escolas da rede privada do Rio Grande do Sul. Com esse intuito, realizaram-se entrevistas semiestruturadas com dez professores de diferentes escolas do estado. Analisou-se o corpus por meio da Análise Textual Discursiva (ATD) aliada à construção teórica sobre autonomia docente de José Contreras. As categorias finais emergentes do processo foram: Persuasão (resultados e comunicação); Materiais e Recursos Didáticos; e Planejamento e Direcionamento. Os resultados indicam a presença de diversos fatores que afetam diretamente a prática pedagógica do corpo docente ou que camuflam, por meio de um discurso de flexibilização, o controle ao qual os professores estão submetidos. Também, aliados ao que já vem sendo exposto na literatura, fornecem indícios de que a racionalidade gerencialista dos SAEs vem intensificando o processo de proletarização ideológica dos professores ao mesmo tempo em que dissimula seu controle por meio de mecanismos mais sutis que induzem a uma autonomia ilusória e atenuam movimentos de resistência. Nesse sentido, os entrevistados parecem assumir uma função profissional muito mais técnica e reprodutiva do que crítica e participativa.