En el Caribe, los arrecifes coralinos han estado en constante cambio, como consecuencia de los impactos locales y globales. Se espera que tales modificaciones también ocurran en el Parque Nacional Jardines de la Reina. Por ello, este trabajo se propuso analizar la variación temporal de las poblaciones de S. siderea, Orbicella spp., A. agaricites y P. astreoides, como grupo dominante, entre el 2001, 2012 y 2017. Estas especies han mostrado cambios en otros arrecifes de Cuba y del Caribe. En el 2001 y 2012, se estudiaron 14 sitios, con 88 transectos cada año y en el 2017, 24 sitios y 240 transectos. En el 2001, se utilizó metodología AGRRA; en el 2012 y 2017 fue empleada una versión de esta. Se contaron 6 501 colonias y se identificaron 35 especies. S. siderea tuvo una abundancia (P = 0.6861) y densidad (P = 0.0712) sin diferencias significativas. Orbicella spp. disminuyó en abundancia y densidad entre 2001 (24% - 3.2 colonias 10 m-1), 2012 (14% - 1.4 colonias 10 m-1) y 2017 (13% - 1.9 colonias 10 m-1). A. agaricites mantuvo su abundancia sin diferencias significativas (P = 0.2202) y aumentó su densidad (2001-2012: 1.4 colonias 10 m-1, 2017: 2 colonias 10 m-1). P. astreoides incrementó su abundancia (2001: 8%, 2012: 10%, 2017: 12%) y densidad (2001 y 2012: 1 colonia 10 m-1, 2017: 1.7 colonias 10 m-1). S. siderea dominó en los arrecifes y Orbicella spp. tuvo una disminución que generó variación temporal con desplazamiento hacia A. agaricites y P. astreoides.